与genome做blast正负链问题

与一个基因组的全序列做blastn
随便一个序列和该序列的反相互补序列去做blast，得到的结果是一样的。除了对应的正负链不同。
那blast结果页面里，对应上的基因超链接，显示的是不是一定是该基因的sense strand？

还有个问题，该基因组没有专门的mRNA库，只有测序完成的全genome序列，我能不能只和该基因组的mRNA做blast。