关于我们需要的DGGE结果

我本科不是学生态的，现在跨入了这个这个陌生的领域，绝对的半路出家。其实我现在搞得也不是我印象中的那种生态，搞得是环境微生物学。但是，做了一年的DGGE,我真的是有点想法，不知道理解是否正确，想和大家讨论一下。
首先，DGGE在原理上声称可以分辨一个碱基的突变。其实我觉得在检测两段DNA 是野生型还是突变型的时候是可以的，因为实验对象比较单一也比较确定，所以只要条件精准一点是可以实现的。但是做环境微生物学的时候，我们的DNA样品往往是从污水、淤泥或者其它材料中提取出来的混合产物，却不说有多少蛋白质或腐殖质之类的影响，单是DNA就不知道出自多少种生物，而扩增条件又十分有限，所以，我对DGGE在环境微生物学上进行应用是的精确度表示保守的怀疑。
其次，作为一个科学实验，可重复性是十分重要和必需的。但是对于环境微生物学中的DGGE分析而言，这一点我十分怀疑。我说这个绝对是有依据的，因为如果对样品进行手工提取，那么每次手法不一都会造成实验结果有偏差，这是第一个不能实现的重复性；第二，我们如果是用不同公司的纯化或者其它什么试剂盒，又会造成第二个不能实现的重复（当然，有人会说那就用一个公司的试剂盒不就解决问题了。但是实验有时候不是我们怎么想就能怎么实现的。我就遇上过有几个的样品某个公司的纯化试剂盒就是不能实现我的实验预想的问题）。最后，每次的外部环境其实也是一个影响因素，这一点我们虽然会尽力避免，但有时候确实是人算不如天算。
最后，关于实验结果，这也是一个很让人郁闷的问题。我在实验中发现，在胶染色之后，优势带很明显但是颜色太深扫描照相不清晰，放置1-2天后它们的颜色清楚了，弱带又看不清楚了。我想这个问题可能能够用Photoshop解决，但是我不知道审稿人同意与否。

我想，我的牢骚就是这些。毕竟我是一个半路出家的人，有很多问题真的是一知半解，所以我希望如果有人知道，可以帮我解答我的困惑。同时，作为一个做了一年DGGE实验的人，我起码的自信还是有的，如果大家有什么困惑，或许我可以帮助大家。
谢谢。