[求助]请帮忙:PCR反应条件的设置(引物对间的GC%含量差别有点大)
待用引物的情况具体如下:
引物一:
LEFT PRIMER len:18
tm:60.01
gc%:66.67
sequence:ggcaccctacccataccc
RIGHT PRIMER len:20
tm:60.16
gc%:50.00
sequence:aaaccaagaaccacgcagac
PRODUCT SIZE: 445, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
引物二:
LEFT PRIMER len:21
tm:60.10
gc%:47.62
sequence:ttcaaatgtcacctcctctgg
RIGHT PRIMER len:19
tm:57.05
gc%:63.16
sequence:gtggtcctctctccctgtc
PRODUCT SIZE: 496, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
引物三:
LEFT PRIMER len:19
tm:59.56
gc%:57.89
sequence:cacttcggctctgaccttg
RIGHT PRIMER len:22
tm:59.24
gc%:45.45
sequence:tgttggctcattcacttacctc
PRODUCT SIZE: 517, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
引物四:
LEFT PRIMER len:22
tm:59.64
gc%:50.00
sequence:gctgtgaaagagaaggaagagg
RIGHT PRIMER len:20
tm:62.34
gc%:60.00
sequence:acccaggaggtgatgaggtg
PRODUCT SIZE: 313, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
四对引物间的GC%含量差别都有点大;Tm值的差别除了第二对的都还可以.
用PCR全自动热反应仪;普通Taq酶;10ul反应体系.因为是首次做PCR,.对可采用的相对理想的初步反应条件设置没有什么概念,故求助,希望你帮我提供个参考的反应条件设置. 此外,这四对引物能不能找到用一个相同的PCR反应条件来反应扩增?
谢谢!