肿瘤免疫 · 实操教程Day07.生信投稿解读

​《肿瘤免疫 · 实操教程——可以操作的肿瘤免疫学》以推文为基础，以肿瘤免疫和纯生信操作为特色，并配有视频讲解、文献资料和期刊推荐。该教程完全免费，只需要每天完成相应内容。

该课程主要包括：①肿瘤免疫前6讲理论和相应公共数据平台的实操，即理论+实操；②从绘图角度分享生信论文复现，解读思路；③结合已经发表生信论文，推荐期刊，并分享投稿策略。第一周安排如下：

Day01、生信入门总动员

Day02、定义肿瘤，肿瘤相关表型

Day03、肿瘤微环境TME

Day04、GEPIA入门教程☆☆

Day05、K-M Plotter使用教程

Day06、生信论文解读

Day07、芒果论坛（晚上7:30~9:30）

一篇SCI论文成功发表的三要素——绘图，写作和选刊（思路和逻辑是决定因素）。生信分析入门，作图是基础。谈到作图，或者绘图，就谈到相关要求和标准。官网是我们获得绘图要求的来源。直至现在，多数果友仍关心的问题，比如纯生信论文还能发表吗？哪些期刊可供选择呢？哪些期刊不能投稿？文章写好之后，如何选择合适的期刊投稿？纯生信基本没有市场了，湿实验验证的生信论文可投稿的期刊有哪些？等等。我们以Frontiers in oncology为例，阐释如何做出符合期刊要求的图表。

Frontiers是领先的开放获取出版商和开放科学平台，有超过 10 万名顶尖研究人员的编辑委员会和同行评审，涵盖 900 多个学科，是世界上规模最大、引用率最高的出版商之一。迄今为止，免费访问的研究文章已获得超过 10 亿次浏览和下载以及 160 万次引用。其中有些杂志适合投稿，芒果会针对性地介绍。该出版社处在快速扩刊期，已经有些期刊上了预警期刊，需要注意规避。

对于生信论文，目前大趋势是生信筛选+生信验证+湿实验验证。当然，湿实验验证是绝对的加分项，也是科研逻辑上的严谨。寄既往套路仍然适用。但是，对于期刊，我们必须做区分，不能乱投稿，也不要扎堆投稿。

关于Frontiers in Oncology，已经有很多公号介绍，芒果也已经分享过多次。该杂志由瑞士出版社Frontiers Media S.A.发行，主要发表肿瘤研究领域论文，对生信论文友好。主页：

https://www.frontiersin.org/journals/oncology 。

其中，2019年发文量达到1490篇，生信论文共计不足100篇；而2020年发文2879篇，生信论文数已经过百篇。2020年，国人占比55.92%，快成中国人的专刊了。

自从2017年获得首个影响因子4.42分，Frontiers in Oncology近几年影响因子一直4分+，2019年4.848分，2020年6.244，实时影响因子也超过5分。其中，临床试验、方法类文章、原创性研究、综述性文章、系统评价等均属于A类论文，而简要研究报告、病例报告、综述、观点等属于B类论文。A类论文版面费为2950美元（20000人民币，贵死了），B类论文版面费为1850美元。生信论文属于A类论文。

目前来说，Frontiers in oncology已经成为很多人的投稿首选，其实这并不利于期刊发展，更不利于文章被接收。Frontiers中有些杂志，比较适合我们投稿。越有特色的期刊越好，比如心脏病、老年神经、内分泌等等方向比较窄的；而像肿瘤学、免疫学和细胞学等比较宽，任何学科的都可以投稿，命中率就会降低。

对于比较经典的生信论文期刊，虽然我们可能不投稿该期刊，但是必要的了解不可缺少！

该期刊的总编辑（Field Cheif Editor）是康奈尔大学医学院的 Giuseppe Giaccone 教授，医学博士，美国纽约市威尔康奈尔大学迈耶肿瘤中心临床研究副主任和医学教授，是肺癌和发育疗法领域的国际公认专家，帮助开发新的化学疗法和新的抗癌治疗策略，特别是针对肿瘤细胞的靶向药物。主要研究领域是肺癌生物学及治疗、胸腺恶性肿瘤的药物开发。（临床医生出身，从事肿瘤治疗的临床研究和药物研发）。

Frontiers in Oncology 发表经过严格同行评议的研究，提高对肿瘤流行病学、分子途径、诊断和成像、个性化治疗以及新的治疗和管理策略的认识。这本多学科开放获取期刊处于向全球研究人员、学者、医生和公众传播和交流肿瘤学领域的科学进步和有影响力发现的最前沿。Frontiers in Oncology 欢迎肿瘤研究各个领域的投稿，从基础研究到临床研究。该期刊由不同的专业部分组成，请作者考虑最合适的专业的具体要求以进行投稿。最值得注意的是，仅由生物信息学、计算分析或公共数据库的预测且不伴随验证（独立队列或体外或体内生物验证）的稿件将不被Frontiers in Oncology 的任何部分接受。

Frontiers in Oncology 由22个部分（Sections）组成，包含的肿瘤类型多样，包括乳腺癌、结直肠癌、胃癌与食管癌、肝胆与胰腺癌、泌尿生殖道肿瘤、妇科肿瘤、头颈肿瘤、血液恶性肿瘤、儿科肿瘤、皮肤癌、外科和胸部肿瘤（临床角度）；也包含肿瘤的基础研究，包括肿瘤流行病学与预防、肿瘤遗传学、肿瘤成像、肿瘤免疫与肿瘤免疫治疗、肿瘤代谢、肿瘤分子靶点与治疗、分子与细胞肿瘤学、神经肿瘤学与神经外科肿瘤学、抗肿瘤药物和放射肿瘤等。

Frontiers in Oncology专业版块欢迎以下的文章类型：病例报告、临床试验、更正、社论、假设与理论、方法、评论、意见、原创研究、观点、评论、系统评价、技术与代码、简要研究报告、数据报告、勘误表、一般评论、研究方案。在向Frontiers in Oncology提交稿件时，作者必须将材料直接提交至专业部门之一。手稿由各专业部门的副编辑和评论编辑同行评审。

文章质量控制的保证（审稿流程）

每篇 Frontiers 文章都力求达到最高质量，这要归功于作者、编辑和审稿人之间的真诚合作，其中包括许多世界上最优秀的科学家和学者。Frontiers 非常清楚已发表的研究对未来研究和社会的潜在影响，因此不支持肤浅的评论、轻评论或无评论的发表模式。研究必须先获得同行的认证，然后才能进入最终可能会传播给公众的知识流——并塑造社会。因此，Frontiers 只应用在Frontiers 审查系统的高标准中建立的最严格和公正的审查。此外，只有通过定量在线文章级别指标客观评估的顶级认证研究才会传播到越来越广泛的社区，因为它逐渐从专业专家读者群向公众理解扩展。Frontiers 制定了许多程序来支持和确保发表的研究文章的质量：

编委质量（Cheif Editor）

1）只有权威专家和研究领域的知名成员才会被进入期刊的编辑委员会。主编、副主编和评论编辑都在期刊页面上列出了他们的姓名和隶属关系，并鼓励公开列出他们的出版证书。

副主编作业质量（Associate Editor）

2) 副主编监督同行评审并对稿件做出最终接受决定。编辑决策权分布在 Frontiers，因为我们相信社区内的许多专家应该能够塑造科学的方向以造福社会。

3) 投稿作者可以选择首选的副主编来处理他们的稿件，因为他们可以很好地判断谁是编辑稿件的合适专家。这种选择不能保证，副主编可以随时拒绝邀请，处理副主编也可以在被邀请编辑文章之前或任何其他阶段被主编覆盖。

4) 副主编必须仅在没有利益冲突的情况下接受编辑稿件（如此处以及他们的审阅邀请和作业电子邮件中所述）。

5) 如果发现副主编存在利益冲突或无法及时和充分地进行同行评审，主编可以为稿件分配新的副主编，主编可以完全控制干预随时进行同行评审。

6) 副主编初查文章符合基本质量标准，无明显客观错误。

审稿人分配质量（Reviewer）

7) 副主编可以亲自选择并邀请最合适的审稿人来处理稿件的同行评审，包括来自董事会的审稿编辑或外部审稿人。

8) Frontiers Collaborative Review Forum 软件和界面为副主编提供了帮助，该软件和界面根据他们的专业知识与手稿主题之间的匹配建议最相关的审稿编辑。但是，副主编可以选择他们认为合适的任何审稿人。

9) 在一定的时间框架之后，如果在此期间没有为稿件分配审稿人，Frontiers 平台和算法安全网会介入，并根据不断更新和改进的算法邀请最合适的审稿人，以匹配审稿人的专业知识提交的手稿。

10) 审稿编辑和审稿人必须仅在没有利益冲突的情况下接受审稿（如此处 以及审稿邀请和作业电子邮件中所述）。

11) Frontiers 算法不断进行微调，以更好地将审稿编辑与手稿相匹配，并且正在将其他检查编码到平台中，例如关于利益冲突的检查。

12) 如果某位审稿人明显存在利益冲突或无法及时、充分地进行同行评审，应由副主编或主编将其替换为替代审稿人。随时提醒并完全控制干预同行评审。

独立审查阶段质量

13) 在独立审查阶段，指定的审查员彼此独立地对文章进行深入审查，以保障意见自由。

14) 审稿人得到一份在线标准化审稿问卷的帮助——适用于文章类型——目的是根据客观标准和Frontiers Review Guidelines进行严格的评估。

交互式评审阶段质量

15) 副主编评估审稿并启动“交互式审阅”——通知作者处理审稿人评论所需的修订范围，并启动交互式讨论论坛，作者和审稿人都可以完全访问所有审查报告。

16) 允许作者和审稿人实时直接相互讨论，直到达成共识并且审稿人认可了手稿的最终版本，这一阶段的手稿和审稿质量得到了提高。

17) 审稿人身份在此阶段受到保护，以保障完全的意见自由。

18) 如果审稿人对纠正客观错误的要求没有得到作者的满足，或者如果他们认为文章整体质量不足，审稿人可以在此阶段建议拒绝。

19) 如果出现争议，作者或审稿人可以触发仲裁并通知副主编，副主编可以分配更多审稿人和/或将争议提请主编注意。副主编也可以参与讨论，并调解过程以确保建设性的修订阶段。

决策阶段质量

20) 接受一篇文章的决定需要在所有审稿人和处理副主编之间达成一致。

21) 副主编和审稿人的姓名在已发表的文章中公开，以鼓励深入和严格的审稿，承认文章的出色工作，并为同行评审带来透明度和问责制。

22) 副主编可以向主编推荐或拒绝文章，主编需要在同行评审过程中检查作者的权利是否得到维护；如果文章质量不足，谁可以最终拒绝文章，有客观错误，或者如果作者不合理地不愿意解决审查期间提出的问题。

23) 主编可以在同行评审的任何阶段介入，对评审过程进行评论，更换指定的编辑，指定自己作为审稿人，甚至作为稿件的处理编辑，因此拥有完全的权力和所有机制在他们的在线编辑办公室独立行事，以确保质量。

防范财务利益冲突

24) 只有不属于 Frontiers 员工的作为副主编的主要研究人员才能根据作为审稿编辑或审稿人的外部专家进行的审阅可做出接受决定。没有人有接受文章的经济动机，即他们作为副主编或审稿编辑的角色没有报酬，任何奖励计划都与稿件的接受无关。

25）若主编的专业部门或领域达到一定的提交水平，他们将获得酬金。此酬金是基于一个日历年内提交的文章总数，而不是接受文章的数量。因此，他们也没有经济动机来接受手稿。

出版后阶段质量

26) Frontiers 平台支持发表后评论和论文讨论，因此即使在同行评审过程之后也有可能对文章进行批判性评估。

27) Frontiers 制定了社区撤回协议，以撤回社区提出并验证了需要撤回的严重问题的论文，包括道德问题、诚实错误或科学不端行为。

为什么投稿Frontiers期刊？

提交给 Frontiers 的所有文章都经过审查，前沿审查系统旨在公正、高效和透明：

• 由于创新的前沿互动评论论坛，从提交到接受平均需要 90 天。
• 只有您所在领域的顶尖研究人员才能进入 Frontiers 编辑委员会，以确保同行评审为您的研究增加价值。
• Frontiers 审核模板可确保审核过程全面且客观。
• 作者和评论编辑之间的实时互动加快了评论过程，使研究结果能够及时发表。
• 审稿人的身份在整个审稿过程中保持机密，在文章发表时会公开，审稿人的工作和对出版物的贡献会得到承认。

快速出版

• 作者几乎可以立即通过快速发表论文的摘要发表声明他们的发现。
• 接受后即时在线发表。
• 从接受到最终排版文档平均需要十二天。

顶尖学者担任编辑

Frontiers 编辑委员会的所有任命成员都是从其专业领域中最优秀的研究人员中挑选出来的。编辑在审稿过程中改进论文的努力以及他们在已接受文章上的姓名披露有助于证明每篇 Frontiers 文章都是最高质量的里程碑，从而提高了作者的声誉。

对文章影响的反馈

Frontiers 评估系统在文章阅读量、引文统计、评论发布和评级方面提供最先进的反馈。作者可以通过这套前所未有的分析工具跟踪他们发表的文章的影响。然后将这些数据转化为有关每项研究工作的学术卓越性和社会相关性的有力指标。

层级出版

Frontiers Tiering System 使选定文章的内容能够被越来越广泛的学术团体所使用，从而被公认为具有开创性的内容。文章最终可能会到达最高层的公众，这无疑确立了它们的声望和影响力。发布过程（step by step）

1 – 文章准备：根据Frontiers Author Guidelines格式化要提交的手稿。

2 – 注册：Frontiers注册自己并登录以开始提交。

3 – 投稿：通过 Frontiers提交页面独特地提交您的手稿，您需要选择最能涵盖您的研究领域的 Frontiers 专业以及一名副主编。

4 – 审稿：审稿编辑提交了他们的独立审稿报告，而您刚刚收到交互式审稿论坛处于活动状态的通知。根据Frontiers Review Guidelines，您现在可以在交互式评论论坛中与评论编辑互动，并在必要时重新提交新稿件。

5 – 接受/拒绝：审核完成后，将做出编辑决定，您会立即收到通知。

6 – 出版费：恭喜，你的文章被接受了！需要支付文章处理费。被拒绝文章不收取任何费用。

7 – 文章制作：您的手稿布局根据 Frontiers 样式表进行了调整。证明会发送给您进行检查和更正。在这一步，如果需要，您可能会被要求提供更高质量的数字。为防止制作过程出现延误，请确保您的图片、图表和表格遵循作者指南。如有任何问题，您可以通过production.office@frontiersin.org联系 Frontiers 制作办公室。

8 – 出版和索引：制作完成后，您的文章将以 HTML 和 PDF 格式在专业期刊或章节中以电子方式发布，并提交给 PubMed Central 进行存档。

9 – 动态影响评估：当读者浏览 Frontiers页面并向作者反馈时，文章的影响会被动态评估。

文章类型

原创研究（Original Research）

原始研究文章报告主要和未发表的研究。原始研究还可能包括确认研究和否定结果，从而允许消除假设、重新制定和/或报告先前发表的结果的不可重复性。原创研究文章经过同行评审，最大字数为 12,000，并且可能包含不超过 15 个图形/表格。作者需要支付费用（A 类文章）才能发表原创研究文章。原创研究文章应具有以下格式：1）摘要，2）介绍，3）材料和方法，4）结果，5）讨论。

综述（Review）

评论文章涵盖近年来取得重大发展或进步的主题，具有全面的深度和平衡的视角。评论应提供对现有技术的完整概述（不应仅总结文献），并讨论以下内容：1）不同的思想流派或争议，2）基本概念、问题和问题，3）当前的研究空白，4) 该领域的潜在发展。评论文章经过同行评审，最大字数为 12,000，并且可能包含不超过 15 个图形/表格。作者需要付费（A 类文章）才能发表评论文章。评论文章应采用以下格式：1）摘要，2）介绍，3）与主题相关的小节，4）讨论。

短篇综述（Mini Review）

短篇综述文章涵盖了当前调查领域的重点方面及其最新发展。它们提供了对该主题的简洁明了的总结，使读者能够了解最新的发展和/或新兴概念，并讨论以下内容：1）不同的思想流派或争议，2）当前的研究空白, 3) 该领域潜在的未来发展。Mini Reviews 文章需经过同行评审，字数上限为 3,000，并且可能包含不超过 2 个图形/表格。作者需要付费（B 类文章）才能发表 Mini Review 文章。迷你评论文章应具有以下格式：1）摘要，2）介绍，3）与主题相关的小节，4）讨论。短片综述文章不得包含未发表的材料或原始数据。

病例报告（Case Report）

病例报告突出显示出现意外/诊断、治疗结果或临床过程的人类或动物患者的独特病例。病例报告经过同行评审，字数上限为 3,000，并且可能包含不超过 4 个显示项目（图形、表格或视频）。作者需要付费（B 类文章）才能发表案例报告文章。作者应遵循 CARE 指南并提交完整的 CARE 清单作为补充文件（模板的链接： https://www.care-statement.org/checklist ）。病例报告应具有以下格式：1）摘要，2）引言：包括病例的独特之处和医学文献参考文献，3）病例描述：包括去识别的患者信息、相关体格检查和其他临床发现，过去的相关干预措施及其结果，4) 显示护理期间相关数据的时间表的图表或表格，5) 诊断评估，治疗干预的详细信息、随访和结果，如 CARE 指南中所述，6 ) 讨论：病例处理方法的优势和局限性，相关医学文献的讨论（相似和对比病例），病例总结，7) 患者观点。作者必须获得患者（或其法定代表）的书面知情同意才能发表。只有原创且显着推进该领域的案例报告才会被考虑。所有病例报告的标题应为“病例报告：‘重点领域’”。

简要研究报告（Brief Research Report）

与原始研究文章相比，简要研究报告文章需以更简洁的方式和更少的细节呈现原始研究和/或初步发现。此外，根据发表科学合理发现的前沿精神，简要研究报告还鼓励提交负面结果，并可能报告先前发表的结果的不可重复性。简要研究报告文章经过同行评审，最大字数为 4,000，并且包含不超过 4 个图表/表格。作者需要付费（B 类文章）才能发表简要研究报告。简要研究报告文章应具有以下格式：1）摘要，2）介绍，3）方法，4）结果，5）讨论。补充材料可包含在简要研究报告中。

作者指南（Author Guidelines），详细的稿件格式（例如模板、参考文献、图表和表格），请访问：https ://www.frontiersin.org/about/author-guidelines

图表指南

CC-BY 许可证：所有图形、表格和图像将根据知识共享 CC-BY 许可发布，并且必须获得使用来自其他来源的受版权保护的材料（包括来自互联网的重新发布/改编/修改/部分图形和图像）的许可。作者有责任获得许可，遵循第三方权利人要求的任何引用说明，并支付任何补充费用。其他信息，请参阅图像处理部分。

图要求和风格指南

• Frontiers 要求按照手稿中提到的顺序单独提交数据；然后，这些数字将自动嵌入到提交稿件的末尾。请确保在正文中按数字顺序提及每个数字。
• 对于具有多个面板的图形，应使用标签（A）、（B）、（C）、（D）等清楚地标明。但是，不要将部分标签嵌入图像的任何部分，这些标签排版时会根据 Frontiers 的期刊风格替换。对于图表，每个轴必须有一个明确的标签（包括单位）。
• 对于 LaTeX 文件，图形应包含在提供的 PDF 中。如果被接受，我们的制作办公室可能需要 EPS、JPEG 或 TIF/TIFF 格式的手稿中包含的高分辨率文件。
• 为了能够一次上传多个图形，请将图形（按手稿中出现的顺序标记）保存在 zip 文件中，并将它们作为“补充材料演示文稿”上传。

请注意，不符合准则的数字将导致生产过程中的大量延迟。

标题

标题前应有适当的标签，例如“图 1”。图片标题应放在手稿的末尾。图面板用括号中的粗体大写字母表示：(A)、(B)、(C)、(D) 等。

图像尺寸和分辨率要求

在准备图形时应牢记 PDF 布局。单个图不应超过一页，宽度对应于 1 列（85 毫米）或 2 列（180 毫米）。所有图像的最终尺寸必须具有 300 dpi 的分辨率。通过将图形放大到 150% 来检查图形的分辨率。如果图像出现模糊、锯齿状或阶梯状效果，则说明分辨率太低。

• 文本应清晰易读且质量高。以实际尺寸查看时，最小可见文本的高度不应小于 8 磅。
• 实线不应该被打断。图形中的任何线条宽度不得小于 2 磅。

请注意，将图形直接保存为图像文件（JPEG、TIF）会极大地影响图像的分辨率。为避免这种情况，一种选择是将文件导出为 PDF，然后使用图形软件转换为 TIFF 或 EPS。

格式和彩色图像模式

• 接受以下格式：TIF/TIFF (.tif/.tiff)、JPEG (.jpg) 和 EPS (.eps)（接受后）。
• 图像必须以颜色模式 RGB 提交。

化学结构

应使用 ChemDraw 或类似程序准备化学结构。如果使用 ChemDraw，请使用我们的Frontiers ChemDraw 模板。如果使用其他程序，请遵循以下指南：

• 绘图设置：链角、120°键间距、18%宽度；固定长度，14.4 pt；粗体宽度，2.0 pt；线宽，0.6 pt；边距宽度，1.6 pt；散列间距，2.5 pt。Scale 100% Atom 标签设置：字体、Arial；大小，8 pt。
• 按照化合物在手稿文本中出现的顺序，为所有化合物分配一个粗体阿拉伯数字。

表要求和样式指南

• 表格应以可编辑的格式插入手稿的末尾。如果您使用文字处理器，请在 Word 中构建表格。如果您使用 LaTeX 处理器，请在 LaTeX 中构建表格。表格前后应留空行。
• 表格标题必须放在表格之前。标题前应有适当的标签，例如“表 1”。请仅使用一个段落作为标题。
• 请确保在正文中按数字顺序提及每个表格。
• 请注意，由于格式原因，最终 PDF 中不能包含覆盖多页的大型表格。这些表格将作为补充材料出版。不符合指南的表格将在制作过程中造成严重延误。