CCLE数据库改版后的简单用法

我就是个还没入门的生信小白，大概小白都算不上。这就是一个CCLE的超基础用法，了解这个数据库的同学可以直接绕过了。

CCLE：全称“Cancer Cell Line Encyclopedia”,可以看做是“癌症细胞系的百科全书”。很偶然的机会，知道了这个数据库，感觉在预实验的时候用用看，对于选择那些细胞株用作实验，能有所帮助。百度上查了下用法，看了好几个文章，觉得挺明白了，结果到了网站一看，改版了。版上说改版以后用不了了，但是我自己这点点那点点琢磨了下，觉得还能用啊。把我自己的流程介绍给大家。

https://sites.broadinstitute.org/ccle/，进入后选择TOOLS,然后进入DepMap portal

3个部分，我只用了第一个data explorer

进入这个页面以后一步一步选，比如想看各个胃癌细胞株中TP53的相对表达，注意第三行选择的时候，要选expression 21Q4，我估计是2021年第4季度的更新的数据库的意思（瞎猜的）。

然后我选的是primary disease，filter by gastric，

下面的find cell lines不选也可以，胃癌细胞株总共就37种，都列出来从里面挑自己实验室有的也行。如果想同时有目的的看好多种细胞株中TP53表达，可以创建自己想找的细胞株的列表。很简单，进去选就是了。 右侧的图中鼠标移动到数据上，会显示具体相对表达的数值以及细胞株的名字。

中间红框的部分可以下载刚刚查到的数据，也可以做相关性分析，也可以上传自己的数据做分析。

我比较了数据库得出的结果，和从临床生信之家得到的结果一模一样。

这里有必要安利一下“临床生信之家”，这个网站致力于大家不用R软件也能做出漂亮的数据图，TCG，GEO，Target，CCLE，预后，IC50，还有免疫分析，网站的内容越来越多，数据越做越大，满足高中低端用户需求，感觉就是用R分析的数据的大汇总（就比如这个CCLE，你用CCLE网上的数据其实也能得出一样的结果，但是就是图不好看），对我这种初入门的小白特别友好，出的图还都特好看，还可以选择高端杂志出图风格，一看就是R做出来的图。还有好多指导视频，讲解的老师也很有意思。有免费plot次数限制，不过超过之后可以转发推文到朋友圈换次数，至少目前是没有换次数的限制（也就是说我们随便用用，其实是免费的）。