青莲百奥「青莲干货」蛋白注释利器Uniprot的玩法！

近日有粉丝向小编求生信科普文章，怎奈我们生信团队过于忙碌，无暇安排，小编为了满足粉丝要求也是无所不用其极，生信大师兄终于被我的良（ku）苦（kou）用（po）心而感动，加班赶制这篇Uniprot数据库的应用文章，快来一起学习吧！

Uniprot（https://www.uniprot.org/）是信息最丰富、资源最广的蛋白质序列数据库，整合Swiss-Prot、TrEMBL 和 PIR 三大数据库的数据而成。怎样用uniprot对需要的蛋白进行注释呢？那我们就用uniprot数据库对一些微生物蛋白进行分型，找到这些蛋白对应的界门纲目科属种的注释信息。

首先，打开uniprot数据库的网站，找到ID mapping。

进入IDmapping后，把需要注释的蛋白id导入Provide your identifiers里面。Select options选择默认选项就可以。导入蛋白完成后，点击Submit。

其次，等网站注释完成后，会跳转到蛋白注释页面，里面有一些蛋白的基本注释结果，比如entry，entryname，genename，length等等注释。没有我们需要的分型注释。下面就需要我们把需要的注释信息调出来。点击columns；

其中，红色标注的是刚才的注释信息，下面还有更多的信息和其他数据库的注释信息。

比较重要的有蛋白，序列，长度，功能，表达，亚细胞，GO，标志物等等大量的注释信息。还有关联的string蛋白互作数据库，ensemble数据库等等常用数据库。

以及生物分类需要的Taxonomic lineage数据库，如图所示：

点击选择界（Kingdom）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）。然后点击右上角的SAVE进行保存。

保存完毕后，网页会自动跳转到注释结果页面，里面就会显示刚才勾选的注释信息。

这些蛋白的所在的生物分类就可以一目了然了。

当然，如果还想需要其他的注释信息，可以根据自己的需求，勾选需要的，去掉不需要的。最后，得到了需要的注释信息，我们可以把注释信息下载下来，下面推荐excel格式的。

下载到本地后的数据格式为：

总结

uniprot对蛋白的注释不仅全面，还很方便，只需要知道蛋白id，只需要按照上面的教程，得到大量的注释信息。例如，得到蛋白的生物分类，再加上蛋白在样本里面的定量信息，在进行进一步的生信分析，就能得到各种好看有用的图片。

示例图展示

Krona分型图

菌群热图

菌群堆积柱状图

亲们，生信大师兄的分享就到这里喽，如果您想了解其他关于生信的知识，请识别下方二维码关注我们，留言给小编，给您安排的妥妥的哦！