医生的科研之路，生信论文 32

生信论文的套路

1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；
2. 临床标本从蛋白水平确认（或HPA数据库），很重要；
3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；
4. cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；
5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）。

第32篇生信文章的分享。

这篇论文是生信技能+湿实验验证的套路，湿实验只有RT-qPCR和免疫组化分析（IHC）。文章题目是并列句，是生信分析的预后和诊断价值+肿瘤免疫微环境这个研究热点的结合。

下面是文献的摘要。背景，方法，结果，结论和关键词，具体根据杂志的要求而定。背景一般是介绍疾病的现状，引出并提出科学问题，最后给出解决的途径，也就是自己的研究怎么解决问题的。

首先是生信分析和湿实验证明CLEC3B基因的表达在肺癌中是下调的。如果不会用R语言，单纯用我们总结的oncomine数据库、HPA也是可以的。

湿实验验证，最好是转录水平和蛋白水平都做验证，PCR和IHC都是常规实验。当然前提是有自己的样本，没有自己的样本，可以寻求合作或者从第三方购买，或者就不用自己的样本验证，也是可以的。

ROC曲线是统计学分析，增加数据的可信度，虽然不是必须，但是有这部分数据，文章的质量就得到更好地保证。

km plotter分析生存率，是常规套路。

肿瘤的免疫微环境，是研究热点，有数据库的支撑，为研究增色不少。

进一步GSEA富集分析更使得文章全面深入。

整体来说，论文思路清楚，又有免疫微环境这个研究热点，使得文章丰满而深入，即使没有湿实验数据的结合，该论文也是可以发表3分左右的期刊。