中药药理研究的利器——网络药理学
网络药理学简介
以前写过一些中药研究帖子，但直到最近才了解到中药研究还有一门绝技——网络药理学。虽然我尚未窥探精髓，但我愿意抛砖引玉，做一些粗鄙的分享，让高手们积极补充讨论。
对于有一定组学基础的朋友，对网络图应该不陌生；若不了解这个做基础研究的，对信号通路熟悉的话，对网络图也会有熟悉的感觉。网络药理学的概念是2007年Hopkins教授首先提出的，网络药理学就是利用人体蛋白质相互作用网络，分析药物对与疾病相关的特定节点(活性蛋白或基因)或节点集的影响，从而研究药物对疾病的干预作用。它基于人体整个蛋白网络对单个靶点蛋白的干预作用，较传统药理学具有显著优势；故在新药的开发有广泛的应用。
中药具有多成分、多靶点、多途径、互协同的特点。采用传统研究中药，很难体现中药的系统性，也不能科学解释中药复方的药效物质基础及组方规律等问题。随着网络药理学技术的提出，中药网络药理学应运而生，并不断升级发展中。
目前被大家熟知的，主要有2个中药数据库：TCMSP和TCMID，里面罗列各种生药的组成成分，他们都可以与其他数据结合，可进行更深入的机制挖掘，为中药药理提供理论支持。
TCMSP（http://tcmspw.com/tcmsp.php）西北农林科技大学自建的中药数据库。
TCMID（http://www.megabionet.org/tcmid/） 华东师范大学自建的中药数据库
他们使用方法非常简单，比如在TCMSP数据库搜“夏枯草”，能获得该药物的化学成分信息，包括成分编号（Mol ID）、分子量（MW）、脂水分配系数（AlogP）、氢键供体（Hdon）、氢键受体（Hacc）、口服生物利用度（OB）、Caco-2 渗透率、血脑屏障（BBB）、类药性（DL）、负分数可表达面积（FASA-）。同时还提供活性成分评估方法：选取同时满足OB＞30%、DL＞0.18 的化学成分，作为其活性成分。
上面是基本数据挖掘，若再通过靶点查询，能查到活性成分对应的蛋白，再转成基因信息。
再在HPO等数据库中搜疾病（乳腺癌）的靶基因，经过筛选汇总疾病靶基因。
靶上述两者结合，可构建蛋白互作网络，可构建出“夏枯草-靶点-乳腺癌”网络药理图。当然这种图仍是比较复杂，且结果需要验证。
关于数据挖掘，还有其他方法，结果也会完全不同，如下图：
但是不管数据挖掘结果怎样，我们都需要进一步验证，如WB，IHC等。
关于TCMSP的使用方法，我上贴介绍过，大家可下载看看，那篇帖子还附在医中一英两篇文献，大家都可以读一下。这里我再附1篇中文文献，让大家更好理解这种方法。
http://news.dxy.cn/bbs/thread/42530499
-------------------------分割线----------------------
上面都是为中药网络药理学点赞打call，下面不得不泼点冷水。
中药网络药理学提出的时候，肠道菌群研究还起步没多久，更是没有宏代谢组学这一概念。通过前面肠菌与中药研究的帖子，相信大家都了解肠菌对中药代谢的影响，能明白很多中药有效成分是经过肠菌代谢才产生的，而中药网络药理学的数据库中并没有这些数据。如果忘记了，可回顾下列帖子：
最后编辑于 2020-03-17 · 浏览 3.6 万
