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EMSA竞争性条带为何比样品反应更强?

发布于 2019-03-26 · 浏览 5096 · IP 上海上海
这个帖子发布于 6 年零 44 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

主要操作步骤

1. 探针的标记:
  使用生工合成引物,在双链的5`端标记Biotin,后使用碧云天退火缓冲液退火形成双链。

2. EMSA胶的配制:8%非变性PAGE胶

3. EMSA结合反应:

(标记探针终浓度为5nM,未标记探针终浓度为1μM,使用的纯化转录因子蛋白,约5μg/μL)

a、阴性对照     Nuclease-Free Water                  7

EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X)       2

纯化的转录因子                   0

标记好的探针                     1

 

b、样品反应     Nuclease-Free Water                  6

EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X)       2

纯化的转录因子                   1

标记好的探针                     1

 

c、探针冷竞争   Nuclease-Free Water                  5

EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X)       2

纯化的转录因子                   1

标记好的探针                     1

未标记探针                       1

 

加入探针前使反应体系室温放置10min,先加入竞争探针,室温放置20min,再加入Biotin标记探针,室温放置20min,加入1μL无色loading buffer,上样电泳。

 

4.电泳:

a.用0.5XTBE作为电泳液,100V,预电泳60min。

b.把混合了上样缓冲液的样品加入到上样孔内,100V电泳,将电泳槽置于冰浴中。电泳至蓝色染料溴酚蓝至胶的下缘1/3处,停止电泳。

5.转膜:

a.取一带正电尼龙膜,剪角做好标记,用0.5XTBE浸泡15min。

b.按照三明治法将胶和膜夹在一起,中间无气泡,采用Western电转膜装置,以0.5XTBE为转膜液,冰浴,380mA转膜45min。

c.转膜完毕后,取出尼龙膜,样品面向上,放置在一干燥的滤纸上,轻轻吸掉下表面明显的液体,保持上表面湿润

7.交联:254nm紫外灯,10cm距离,照射10min。

8.检测:封闭液封闭30min,加入含Streptavidin-HRP Conjugate(1:2000)的封闭液,摇床孵育30min,洗涤液洗涤5min * 4次,平衡液平衡5min,ECL显色。




具体实验结果

img


问题:

相比样品反应,为何竞争反应条带更强,就算没有竞争,但是条带更深有点不明白。





最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 5096

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