分子动力学技术交流---gromacs&amber

分子动力学模拟交流***: 668223348 (王老师邀请）

详细课程链接：http://flac3d.cn/hdp/wq.html

Gromacs和Amber的分子动力学模拟技术与应用课程在北京举办。

课程一GROMACS分子动力学模拟课程

GROMACS基础  1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余

GROMACS入门操作的Linux基础命令

1 GROMACS入门操作基础   实例操作：编译安装GROMACS

2 GROMACS建模——掌握基本操作流程  实例操作：GROMACS基本建模工具使用

GROMACS建模计算  1 GROMACS计算——熟练掌握GROMACS计算一整套流程，为模拟蛋白做铺垫  实例操作：建立水-甲醇-离子混合特定浓度溶液

实例操作：模拟水-甲醇-离子混合特定浓度溶液（加电磁场）

3  GROMACS数据分析  1 GROMACS数据分析  实例操作：提取各种数据、分析

4，生物大分子建模  1 生物大分子建模(以二氢叶酸还原酶为例) 2 复杂体系建模：蛋白配体复合物(以蓝光受体BLUF为例)  实例操作：多肽分子在水溶剂环境下的建模练习。重点包括二硫键处理，氨基酸质子化状态处理，构建拓扑文件，添加周期性水盒子，添加平衡离子

实例操作：模拟多肽分子的动力学过程。包括能量最小化，跑NVT， NPT平衡

5，数据分析  1 查看动态轨迹(采用VMD软件)

分析工具使用  实例操作：包括在VMD中查看可视化的动态轨迹，分子轨迹的RMSD，计算回转半径、平均结构等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析

课程二  AMBER分子动力学模拟

1，分子动力学原理  课程1 分子力学（力场）  课程2 能量优化的常用方法   课程3 分子动力学

2， Linux与AMBER和模型构建  课程1 Linux基础  课程2 AMBER软件简介  课程3 模型文件的预处理  上机实践：AMBER实例：蛋白-配体复合物的预处理平行实例：环糊精主客体复合物的预处理

3，MD模拟  课程 能量优化、分子动力学模拟  上机实践：AMBER实例：能量优化、分子动力学模拟 （蛋白体系、环糊精体系）

4，能量计算、 结合自由能计算  AMBER实例：结合自由能计算 （蛋白体系、环糊精体系） AMBER实例：结合自由能分解计算 （蛋白体系、环糊精体系）

5，轨迹分析 课程 分子动力学轨迹分析  AMBER实例：分子动力学轨迹分析 （蛋白体系、环糊精体系）

6，ASMD模拟  课程8ASMD  AMBER实例：ASMD模拟 （蛋白体系、环糊精体系）