imagej软件
※ 【原创】imagej基本操作 【原创】imagej使用达人指南，分享给大家！ 最后这一个是内容最多最重要的一个
1 Imagej软件进行Sholl analysis Imagej软件进行Sholl analysis
2 imagej统计气泡的粒径 imagej统计气泡的粒径
3 imagej软件 imagej软件
4 imagej软件测量鼠脑切片的梗塞区域面积 imagej软件测量鼠脑切片的梗塞区域面积
5 imagej软件分析划痕实验（计算划痕面积及伤口愈合百分比） imagej软件分析划痕实验（计算划痕面积及伤口愈合百分比）
6 关于荧光共定位分析 关于荧光共定位分析
7 Imagej分析leaf的相关参数 Imagej分析leaf的相关参数
8 使用imagej测量大血管截面 使用imagej测量大血管截面
9 imagej边缘提取 imagej边缘提取
10 Imagej分析血管 Imagej分析血管
11 imagej三维分析功能
12 imagej-Cell concentration calculation
13 Imagej分析各向异性
14 IHC Profiler,对IHC图片进行定量评价和自动评分
15 关于荧光共定位分析
各位老师好，近来需要处理图片，刚开始学习ImageJ，要处理的图片如下（该图片的实际对应眼底区域大小为6×6mm，下文文献中的图片实际对应眼底区域大小为3×3mm），这是眼底黄斑区浅层毛细血管图片，白色网状区域为血管，中央的黑色区域为 黄斑中心凹无血管区（FAZ）。
下面是看到的文献对图片的处理方法，我想学习这种方法
1.All 3×3mm OCT-A images were exported from the system as a Joint Photographic Experts Group file into the National Institutes of Health ImageJ 1.50 (National Institutes of Health,Bethesda, Maryland, USA) software.
2. Capillary vessel density was calculated through a new macro.(要创建一个宏，这个我还没开始摸索，主要是后面的步骤还没理清)
3.The image was converted from 8-bit into red green blue (RGB) colour type and then was split into the three channels (red, green, and blue); the red channel was chosen as the reference.（是将8-bit转化为RGB格式，再分为3个通道，取红色通道进行下面操纵的意思吗？）
4.The adjust threshold tool set to default was applied; the dark-background option was selected.This tool automatically set lower and upper threshold values (110–255 in our case, respectively), and segments greyscale images into features of interest and background. (这步感觉自己做得不对，设好110-255的阈值，出来的图片不是黑底白血管，但如果用image-adjust-auto Threshold出来的是黑底白血管，就不能设阈值）
5
6.The FAZ area was coloured to pure blue. White pixels were considered as vessel, black pixels as ackground, and blue pixels were automatically excluded from the analysis（蓝色区域计算比例时要被扣除，关键问题是我连不去除蓝色区域的黑白像素比例都不会算）. Vessel density was expressed as the ratio between vessel pixels and the total area.
下面是文献ImageJ处理后的效果图：
我现在会做的很少，只会画个比例尺，画出FAZ的区域，求出FAZ的面积，二值化根据丁香园相关帖子的学习了一下，白色血管区域面积能摸索着算出来（跟文献中提到的方法不一样，不会扣除中央FAZ区域面积 ）。
我知道我的问题太大了，太笼统了，谢谢各位老师的帮助。
除了蓝色面积外的总面积为404827平方像素
vessel面积为259122
Vessel density 64%
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2 imagej统计气泡的粒径 imagej统计气泡的粒径
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4 imagej软件测量鼠脑切片的梗塞区域面积 imagej软件测量鼠脑切片的梗塞区域面积
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6 关于荧光共定位分析 关于荧光共定位分析
7 Imagej分析leaf的相关参数 Imagej分析leaf的相关参数
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9 imagej边缘提取 imagej边缘提取
10 Imagej分析血管 Imagej分析血管
11 imagej三维分析功能
12 imagej-Cell concentration calculation
13 Imagej分析各向异性
14 IHC Profiler,对IHC图片进行定量评价和自动评分
15 关于荧光共定位分析
各位老师好，近来需要处理图片，刚开始学习ImageJ，要处理的图片如下（该图片的实际对应眼底区域大小为6×6mm，下文文献中的图片实际对应眼底区域大小为3×3mm），这是眼底黄斑区浅层毛细血管图片，白色网状区域为血管，中央的黑色区域为 黄斑中心凹无血管区（FAZ）。
下面是看到的文献对图片的处理方法，我想学习这种方法
1.All 3×3mm OCT-A images were exported from the system as a Joint Photographic Experts Group file into the National Institutes of Health ImageJ 1.50 (National Institutes of Health,Bethesda, Maryland, USA) software.
2. Capillary vessel density was calculated through a new macro.(要创建一个宏，这个我还没开始摸索，主要是后面的步骤还没理清)
3.The image was converted from 8-bit into red green blue (RGB) colour type and then was split into the three channels (red, green, and blue); the red channel was chosen as the reference.（是将8-bit转化为RGB格式，再分为3个通道，取红色通道进行下面操纵的意思吗？）
4.The adjust threshold tool set to default was applied; the dark-background option was selected.This tool automatically set lower and upper threshold values (110–255 in our case, respectively), and segments greyscale images into features of interest and background. (这步感觉自己做得不对，设好110-255的阈值，出来的图片不是黑底白血管，但如果用image-adjust-auto Threshold出来的是黑底白血管，就不能设阈值）
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6.The FAZ area was coloured to pure blue. White pixels were considered as vessel, black pixels as ackground, and blue pixels were automatically excluded from the analysis（蓝色区域计算比例时要被扣除，关键问题是我连不去除蓝色区域的黑白像素比例都不会算）. Vessel density was expressed as the ratio between vessel pixels and the total area.
下面是文献ImageJ处理后的效果图：
我现在会做的很少，只会画个比例尺，画出FAZ的区域，求出FAZ的面积，二值化根据丁香园相关帖子的学习了一下，白色血管区域面积能摸索着算出来（跟文献中提到的方法不一样，不会扣除中央FAZ区域面积 ）。
我知道我的问题太大了，太笼统了，谢谢各位老师的帮助。
除了蓝色面积外的总面积为404827平方像素
vessel面积为259122
Vessel density 64%
