关于细胞培养上清液中氨基酸含量测定的一些疑问

本人最近在开发该方法，培养液中的蛋白我是用乙腈去沉淀的，发现如果做上清液样品加标，回收率有点诡异，高高低低的，有些乱。后来改为做空白蛋白加标，连做了几次，回收率都很好。我怀疑是细胞上清液里头有一些什么东西对结果的测定造成了干扰。不知道大牛们有没有遇到类似的问题呢？希望能交流交流。
不知道大家有没有除了沉淀法更好的样品前处理方式呢？
可是又有什么方式能把培养液中的干扰物去掉呢？*@！？@
迷糊ing，纠结ing??
到底是哪儿出了问题呢？