【求助】基因多态性研究设计中一些问题

拟做某个基因的SNP1、SNP2和SNP3与疾病相关性的Meta分析研究，有以下各种困惑，请不吝赐教。
1.检索到的文章在数据分析时，会出现多因素logistic回归（年龄、性别和另一基因调整）、普通的卡方检验（没有相关调整）、把另一基因分层的卡方检验，此时，这三种统计分析都会出现OR值，有时候还矛盾，一般会在讨论中解释可能由于样本量太小，检验效能低所以出现假阴性等，那这时候OR值的确定是不是根据多因素logistic回归，但是我觉得分层分析也对的，如多因素logistic回归分析结果是阴性，但是分层后在某一水平上出现阳性，那他究竟该怎样下结论？

2.人种不同时，基因多态分析的结果可能不一样，是可能因为等位基因的频率不同，因此，我产生一个设想，是不是在做Meta分析时，应该检验各篇文章的等位基因频率是否一致，这样Meta分析才更有意义，还是异质性检验中已经考虑了这个问题，同时，是不是每篇文章要达到一定的检验效能，否则他们的结果就不可性，这种文章是否应该要，还是Meta分析本身就是为了提高检验效能，扩大样本量，所以不需要对这方面要求特别严格？

3.请高手帮忙解释一下HWE分析和连锁平衡分子在研究SNP中的意义、区别和联系，谢谢。