【求助】新手上路，如何筛选SNP进行研究，急急急！

想对一新发现基因进行SNP研究，NCBI数据库上有SNP信息，数量不是很多，很多都没有频率信息（就是Heterozygosity 那一项是N.D.的，不知理解是否正确）；有频率信息的很多也只有两种基因型（一种杂合，一种纯和，另外一种纯和没有）。
不知道是应该先测序还是直接选择合适的SNP。
要是选择的话，是不是最好选那些最小等位基因频率》5%的或者更大的，最好是启动子和外显子区域的错义SNP？那种只有两种基因型的SNP选么？有没有大家一致认可的筛选原则？
要是测序的话会不会也是类似于NCBI公布的结果，是的话感觉划不来了。

困惑中，谢谢大侠帮忙指点。