[合集]序列《＝》结构《＝》功能[转载]

[合集]序列《＝》结构《＝》功能[转载]

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]序列《＝》结构《＝》功能
发信站: 北大未名站 (2003年06月12日02:45:56 星期四), 转信

───────────────────────────────────────
作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月08日17:00:31 星期天), 站内信件
───────────────────────────────────────




我的一点想法：

猜想 1： 大自然在不断地做实验，满足一定条件的有活性的序列被保存下来（也对应 了相应的结构）。主导这些事情变化的，我认为是功能决定了。虽然本质上是物理化学性质和相应的物化基础理论可以解释每一步的变化。但长期的选择，进化不是单分子的结果。功能不是单分子能反映的，是相互作用体现的，是一个复杂的作用网络决定的。
如果把一个分子在其进化的系统比如（Pathway)来考虑，它就是多功能的。如果把功能看成目标函数，其它的突变，进化，修饰等等都是有它来主导。所以，我认为功能 决定了结构的进化。但是复杂的功能又是结构不断演化的结果。

猜想2： 根据观测结果：结构比序列更保守。我猜想： 功能比结构更保守,在进化的过程中，某一个蛋白的主要功能是不变的。 有些实验例子已经证明，功能和fold(结构的一种描述方式）没有一致的关系。随之而出就有趋同进化（covergent evolution)，和发散进化(divergent evolution)两种模式,对一些例子进行分析发现，这两种进化都存在。 当然也有人提出进化是化学驱动的(chemical-driven)，我认为是功能驱动(functional-driven)更好一些。所以要研究序列结构的进化关系，应该更关注蛋白的功能，关注protein-ligand, protein-protein, protein-DNA等分子之间的识别问题。进一步定义相关的功能。

猜想3： 蛋白质是由单一序列进化而来的。比如GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG

猜想4：蛋白的功能描述：single protein function = fold+ key AA, 现在对于分子
之间的识别机理研究还不是太清楚，所以对key AA的识别也是一个重要的问题。
Protein Function=single protein function(i) i=1,2...n, n个protein构成的作用
网络。

───────────────────────────────────────
作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月08日17:05:49 星期天), 转信
───────────────────────────────────────




结构比序列更保守这一点我一直认为是自然选择的结果, 不具备这种性质的序列
在进化的过程中就已经被淘汰了. 其他的我想想再讨论.

───────────────────────────────────────
作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月08日17:12:14 星期天), 转信
───────────────────────────────────────




结构比序列更保守。恩，这个恐怕也是基于目前已知的结构来分析的。
虽然这个理论我是接受的，但我还是要表示一些怀疑，因为，目前蛋
白的已经被解的结构不多，是否有某些bias，是很难说的。
可能要等被解的结构增多，起码与序列的data数量具有可比性的时候，
这个问题才能够比较肯定地回答。你说呢？

结构比序列更保守这一点我一直认为是自然选择的结果, 不具备这种性质的序列在进化的过程中就已经被淘汰了. 其他的我想想再讨论.

───────────────────────────────────────
作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月08日17:15:03 星期天), 转信
───────────────────────────────────────




我说的不是这个意思. 即使我们解的结构再多, 这种现象恐怕也是成立的.
因为很难想像大自然会选择一个结构对突变高度敏感的序列去实行生物学
功能, 毕竟遗传中变异这个事件太普遍了

───────────────────────────────────────
作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月08日17:39:05 星期天), 转信
───────────────────────────────────────




有一点不明，你所说的蛋白质的单一序列，是指氨基酸的序列，抑或是其编码序列？

───────────────────────────────────────
作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月08日17:46:08 星期天), 站内信件
───────────────────────────────────────




这是我的猜测 ， 地球上开始有氨基酸， 我假设开始形成的都是一种氨基酸。 比如G, 那
么按照化学反应规律， 就会产生单一序列的短肽。 这个时候还没进化到编码阶段。。。
我这是纯化学的猜测。

───────────────────────────────────────
作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月08日17:52:00 星期天), 转信
───────────────────────────────────────




哦，是这样。。

本来以为，如果是编码序列，那么古老的生物序列中就应该有AAA TTT CCC或 GGG这样的密码子的偏好性（不确切，大概的意思）
不过如果是指氨基酸的序列，古生物中不知道会不会也应该存在这样的遗迹？ 呵呵，纯粹瞎想。。。

那

───────────────────────────────────────
作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 序列《＝》结构《＝》功能
时间 北大未名站 (2003年06月09日13:09:22 星期一), 转信
───────────────────────────────────────




大约在60年代（or 70's, I'm not very sure）
有人就研究过密码子为什么是现在这个样子，
从化学和统计的角度
呵呵，有兴趣的同仁去查查然后给大家讲讲吧：）