【问题讨论】关于microRNA功能分析

我做完了同一tissue的mRNA谱、microRNA谱及其蛋白谱，现在我想研究在这个tissue或者对这个tissue有功能的microRNA的identification，遇到几个问题，和大家讨论，希望大家能帮我出出主意：
1、策略一：选出显著上调和下调的microRNA（我已经用northern来验证了），然后做target预测，把预测到的target gene 及其蛋白质分别从表达谱中挑选出来相应的数据来分析其规律。问题：miRNA与基因的作用方式有三种，高表达的microRNA不一定对应低丰度的mRNA，更不用说蛋白质了！尽管遇到这个问题，但是我还是决定做下去，但是对统计软件SAS不熟悉，遇到了障碍。
2、策略二：选出显著上调和下调的microRNA（我已经用northern来验证了），用pictar等软件预测到一堆基因，然后选出我感兴趣的基因及其蛋白质，做体外实验来验证，问题是这个工作量和资金耗费都是很大的，且结果是不肯定的，但是，我目前也在进行当中。
大家有没有什么好的建议？
另外，我想就microRNA的功能分析开个讨论组，希望做microRNA的战友都来参与！
附录：
做target gene预测比较权威的网站：
http://pictar.bio.nyu.edu/
http://genes.mit.edu/targetscan/
sanger targetscan
附件中的文章和大家一起讨论！
Animal MicroRNAs Confer Robustness to Gene Expression and Have a Significant Impact on 30UTR Evolution（太大，粘不上，大家到cell去取就可以了）