不同类型的临床样本，分别适合做哪些组学 ？

各位临床的老师都很忙啊，又是手术、又是培训、又是开药的，还要发文章评职称。这篇文本主要是给各位主任和领导汇总一下，目前做组学研究相关的研究，不同的临床和实验室样本，该怎么根据样本的种类来选择组学技术。

• 多组学：如基因组、转录组、蛋白组、代谢组等顺着中心法则，多维度解析。
• 单组学：单个的比如转录组、蛋白组等只做一种组学。
• 时空组学：单细胞转录组、空间转录组、空间代谢组，这3种技术的组合。

一、 血液样本

1. 全血样本：全转录组、RNA-seq、基因组等
2. 血浆样本：主要是蛋白组和代谢组（基于质谱LC-MSMS或者类似Olink和Somascan技术）质谱的优势主要是非靶检测范围比较广，价格便宜；后面两个技术的优势是靶向检测，下出下限比较高
3. 血清样本：推荐组学技术和血浆一致，实际检测血浆检出物质数量会更多。收集方式上和血浆的区别是血浆用抗凝管收集（一般是EDTA钾或者钠、肝素钠、柠檬酸钠等）；血清血浆样本不建议做修饰蛋白组，基本上没有多少位点
4. 血浆白膜层（PBMC细胞）：普通转录组（RNA-seq）或者单细胞转录组

二、 组织样本（新鲜）

组织样本，像以上血液样本的那些推荐组学都可做，根据不同方向来选择。

1. 如，找机制。现在基本上机制都偏重用蛋白组或者蛋白组+修饰蛋白组（如磷酸化修饰蛋白组）来研究了，因为蛋白质是整个表型维持最直接的分子，转录组的mRNA和蛋白质之间基本上能保持上下调趋势一致的也就占20-30%，有些转录组结果有差异蛋白组水平验证不出来，比如WB和ELISA等验证转录组结果。
2. 找靶点：转录组、蛋白组、修饰蛋白组，为什么要加入修饰蛋白组呢？因为很多疾病的发生和进展，或者药物作用的机制，会和蛋白修饰类型的改变相关（人基因组表达20000多种蛋白，30%-40%有各种不同类型的修饰）
3. 一些代谢相关疾病，或者机制解释想往代谢改变上去靠：除了上述转录组和蛋白组，可以加入非靶向代谢组或者靶向代谢组（靶向一般检测一类物质，绝对定量）
4. 时空多组学，花费高，但分数产出高，2025年趋势3种时空组学一起做，IF至少也在10分往上。

三、 组织样本（FFPE、石蜡包埋）

1. 石蜡样本因为在处理过程中，代谢物已经流失、RNA基本也降解的差不多了，所以能做组学就比较有限：蛋白组、部分修饰蛋白组（磷酸化）、基因组等
2. 时空组学：可以做空间转录组，空间代谢组和单细胞转录组不推荐

四、粪便、肠道内容物和尿液

1. 肠道内容物和粪便：代谢组、16s、宏基因组，通常会配合研究比较火热的代谢物，如短链脂肪酸等，可以选做短链脂肪酸的靶向代谢组，一般可以通过短链脂肪酸或者多胺代谢异常可以和脑肠轴扯上关系
2. 尿液：蛋白组、代谢组
3. 其他类型体液：像脑脊液、关节液、唾液、肺泡灌洗液等，不含细胞的临床样本，都可以做蛋白组+代谢组，因为这些样本可溶蛋白质和代谢物种类还是非常丰富的
4. 没有细胞或者细胞量很少，不推荐空间转录组和空间代谢组，单细胞转录组勉强可以考虑。

总结

有疑问欢迎随时沟通，不过我大概率没有时间看，可以先问万一有时间答呢？