BWA原件能不能做非靶向检索

如题，说BWA非常适合illumina出来的短reads,但是看说明BWA是吧短序列比对到参考基因组，这种说法就是已知靶向参考基因组。

那么能不能用BWA把测序reads,拿去GenBank数据库中去做非靶向，跨物种的筛查呢？或者叫做查询测序的每个read是那个物种的序列片段？