蛋白质分割位点的选择

现在有一个已知三维结构的的蛋白质需要做基因工程改造，需要将这个蛋白从某个位点分开表达，这个位点的选择该如何进行，要求不影响后面通过肽键重连的结构和活性。

有没有具有类似功能的软件或生信方法，有没有老哥能帮个忙，谢谢！