【做科研的大师兄】框架解析 | 不会做机制？只有表型创新一样发主刊Cell！

解析 | 做科研的大师兄

本期正题开始之前，先看一个绝大多数人文献学习的误区：看文献时，很多人重点关注的是别人文章报道的研究结论，并基于这些结论拿来拼接剪裁，提出自己的假设。

实际上，这是非常不正确的学习文献的思路！

那正确的应该是什么？

看文献应该重点学习他们的思路和方法，而非研究结论！一定要记住上一句话，并反复揣摩。

再做一次解读：什么叫学习他们的思路和方法？

比如看别人的文献做了某个基因通过某机制影响某疾病，那重点要关注的是，这个研究如何选出这个基因的，什么逻辑？是通过什么方法？是转录组测序？还是什么？是如何找到某机制的？是基于蛋白组还是什么？别人去找这个机制的思考是什么？这才是要重点关注的，不要搞错了！只有积累了足够多的文献思路，然后自己在思考课题的时候就知道了，我应该怎么去借鉴别人的思路和方法来做自己的课题。

在重点搞清楚情况拿下，才去关注一篇文献中的具体结论，然后这个具体结论可以挪用到自己科学假设中不需要创新的部分机制中来。

上面这几点建议能看懂，则是无价的，直接帮你科研少走3-5年弯路！

那在文献学习中，如何学习研究思路和科研逻辑？

其中一个非常重要的方法是做框架解析！所谓框架解析，就是看一篇文献的主体框架，说白了，也就是每个大Figure的小标题，通过分析这些小标题，就可以看出这篇文章的思路和科研逻辑是如何组织和展开的，这对于我们自己做课题具有极大的借鉴意义。

本次推文将结合下面这篇主刊Cell的文章，做文献框架解析实例展示，后续也会更新更多框架解析系列的主题文章。

这篇文章发表于2023.3.16，是一篇关于肿瘤免疫的研究性论文。

方法论—框架解析步骤：

1.思维导图罗列每个Figure小标题；

2.找出每个小标题的主要实验及样本分组；

3.分析小标题之间的逻辑关系并归类。

案例实战—框架解析：

1.思维导图罗列每个Figure小标题；

这部分只需要翻译每个Figure下面的Figure legend的小标题即可搞定。

2.找出每个小标题的主要实验及样本分组；

做这一步的目的主要是学习文章的送样分组策略（这对我们借鉴如何送样，做何种组学，有极大借鉴意义），这步需要结合每个Figure下面的Figure legend和results部分对该Figure中送样或实验分组的描述来搞定。这里仅展示Figure 1的分组整理信息作为示例如下：

3.分析小标题之间的逻辑关系并归类；

这一部分就是分析各个小标题之间的逻辑关系，并进行归类。可以看到这篇文章主要进行的是平行性检测，几乎没有逻辑纵深的论证。

小结

既然没有逻辑纵深，本研究能发表到主刊Cell，其主要依据是什么？

本研究最关键的是对比了肿瘤未接受免疫治疗及接受免疫治疗后uiLN和metLN这两组之间的Tpex的变化，这属于之前从未报道过的表型，创新性很高；并且本研究结果直接基于较大肿瘤患者ICB治疗前后的样本得到的组学分析结果，临床意义很大。这种高度创新性表型+较高的意义是本研究发表到主刊Cell的底层逻辑。

由此，我们也可以看到，表型创新才是最重要的，机制创新是非必须的。只要表型创新足够高，意义足够大，即使缺乏逻辑纵深的机制研究，依然可以发表到顶刊。

通过本次框架解析，我们可以从课题框架顶层设计角度学习到自己做课题研究时，如何进行框架搭建及样本分组及组学分析。这更利于我们积累课题设计的思路和科研逻辑。

按此法，积累30篇以上的课题框架，对于课题设计你也能水到渠成，顺手拈来了。

关注大师兄，科研不迷路！ 作者：做科研的大师兄