测序得到新的基因组序列，如何分析其复制REP基因和衣壳CAP基因位置

求助-测序得到新的病毒基因组序列，如何分析其复制REP基因和衣壳CAP基因位置？

目前在GeneBank登录参考的全基因组序列只有两种，REP基因和CAP基因有明确的序列位置，如何分析自己测的新的全基因组序列，看看rep和cap开放阅读框是否有变化呢。序列比对结果只有部分单个碱基变化。