B 细胞和 T 细胞受体的空间转录组学揭示淋巴细胞克隆动态

2023年12月8日《Science》发表一项研究：淋巴细胞克隆在组织内的空间分布对其发育、选择和扩增至关重要。我们开发了变异、多样性和连接（VDJ）序列空间转录组学（Spatial VDJ），这是一种绘制人体组织切片中 B 细胞和 T 细胞受体序列的方法。空间 VDJ 可捕获与典型 B 细胞和 T 细胞分布相匹配的淋巴细胞克隆，并扩增经正交方法确认的克隆序列。我们发现了配对受体链之间的空间一致性，开发了一个预测受体配对的计算框架，并将不同 B 细胞克隆的扩增与不同的肿瘤相关基因表达程序联系起来。空间 VDJ 描述了 B 细胞克隆的多样性及其解剖龛位的谱系轨迹。因此，空间 VDJ 可以捕捉跨组织的淋巴细胞空间克隆结构，为利用克隆序列进行治疗提供了一个平台。