关于使用PCR试剂盒进行CRE小鼠基因鉴定问题

关于CRE小鼠基因鉴定问题：一直以来是用蛋白酶K过夜裂解鼠尾来进行基因型鉴定的，鉴定flox或者是Cre(特异性的引物)都没有问题，这次为了简便，购买了鼠尾直接PCR试剂盒, 发现提的PCR模板只能鉴定flox，不能鉴定Cre，跑了很多次，电泳没有条带或者只有一条低分子量的突变条带，高分子量的野生条带消失，还有令人意外的是有一只小鼠鉴定出来了，突变和野生型的条带都有，PCR程序和引物都没有问题，请问大家有遇到过这个问题吗？如何解决的呢？