同源重组构建基因缺失

求助：本人在做是肺军团菌相关的，通过同源重组构建基因缺失，在上下游片段中插入卡那抗性的片段，并连接到质粒上，送测序，测序结果回来，也连接上了，现在是在做利用带卡那抗性的平板进行但交换筛选，有菌落长出，进行pcr 验证，也扩出了两条条带，但感觉条带的大小不符合我的预期，是什么原因？是我扩增条件不对？还是有其他原因，我应该从哪方面进行分析？谢谢各位大佬。