protocol 分享｜献给初学者：手把手教你做细胞免疫共沉淀实验（Co-IP）
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简介
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）是一种利用抗原与抗体之间的专一性为基础，广泛应用于研究蛋白质与蛋白质相互作用的经典研究方法。
原理
其原理是如果细胞内两蛋白（A、B）有直接或间接的相互作用时，那么在温和的裂解条件下获得的蛋白样品中加入 A 蛋白的抗体将 A 蛋白沉淀下来，在细胞内与 A 蛋白直接相互作用的 B 蛋白或与其间接相互作用的 C 蛋白能一起被沉淀下来。
通过蛋白免疫印迹的方法，通过检测沉淀中是否存在 B 或 C 蛋白来确定 B 或 C 蛋白与 A 蛋白的相互作用。
用途
1.检测 A、B 蛋白在体内是否相互结合
2.分离与 A 蛋白相互作用的蛋白复合物
材料与仪器
【样品和试剂】
293T 细胞（以该细胞做转染为例）、转染质粒（Flag-A, HA-B) 、flag抗体、2Ⅹloading buffer、PBS、Flag-beads、1XTBST、5 X SDS loading buffer、蛋白酶抑制剂、磷酸酶抑制剂 A 和 B、RIPA 裂解液；
【实验仪器】
磁力架、金属浴、RIPA 裂解液旋转混合仪、WB 实验相关设备。
步骤
一、细胞的铺板与转染
1、提前一晚将 293T 细胞铺板至 6 cm皿中，铺板量以达到相应的转染试剂要求为准；
2、用各实验室相应的转染试剂将以下质粒组合转染 2 皿细胞：flag空载+HA-B；flag-A+HA-B；每质粒2微克。
二、免疫沉淀
1、转染 24 小时后，收获细胞，每皿加入 500 μL 裂解液，收集细胞至1.5mL EP 管中，在冰上超声破碎细胞；
2、超声好后，4℃，12,000 g，离心 30 分钟，取 400 μL上清液用于免疫沉淀，80 μL上清用作总蛋白并加入等体积的 2Ⅹloading buffer；
3、将 400 μL上清加入用裂解液清洗了 3 遍的 beads 中，加入0.3-0.5 μg flag抗体，4℃孵育 3-4 小时；
4、4℃，2,000g，离心 3 分钟，去除未结合的液体，留下 beads 沉淀，用预冷的蛋白裂解液清洗沉淀 3 次，每次 5 分钟；
5、最后一次去除清洗液，往沉淀中加入 60 μL 2Ⅹloading buffer，和总蛋白一起在沸水中煮沸 15 分钟。
三、Western Blot检测
6、通过 SDS-PAGE 分离样品，利用全蛋白样品作为对照，检测 flag-A 和 HA-B 蛋白是否发生结合。
注意事项
1.对于内源的 Co-IP 检测应该用 10 cm 皿来培养目的细胞，并维持较好的生长状态；
2.如果该实验用于新蛋白的鉴定，应注意抗体重链和清链的影响；
3.该实验不能确定蛋白之间的相互作用是直接还是间接的。
常见问题
1、阴性有较强的条带
这有可能是结合较弱或清洗不干净导致的
2、内源的 Co-IP 实验结合较弱或者不结合
可能是蛋白表达较弱，建议做过表达的 Co-IP
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