非肿瘤的生物分析+加临床样本验证（肺外结核）

本人刚刚接触生信，不是专业的哈。只是随机对觉得可以的文章做一个记录和一起分享。

最近到一篇非肿瘤的生信分析，我个人觉得还是蛮适合我这种新人小白，话不多说直接上图。

首先该作者是研究肺外结核的，立题上显得就比较新颖了，肺结核咱们见的多，肺外结核可就少了，题目耳目一新。接着就是研究正常样本和肺外结核样本的不同通路，重点是作者把巨噬细胞极化和结核联系起来了。采用xcell这个包。巨噬细胞极化和多种疾病都有关系，比如结核，纤维化，心肌再灌注损伤。作者发现肺外结核的M1的xcell评分更高。接着他把M1评分以中位值为截断值，看两组的富集差异，同样用在M2，和M1/M2上。增加了文章的内容。接着文章的点睛之笔来了，作者收集了骨结核的患者的外周血，做了流式细胞术，CD86标记M1，CD163标记M2，看是不是和生信一致。个人觉得全文最精彩的就是这点

接着做了肺外结核和正常人群的差异基因分析，GO和KEGG，PPI这些常规套路。通过cytoscope筛选出2个基因（STAT1和CXCL10）。因为差异基因多么，总要整2-5个核心hub基因呀，可以用cytoscope软件的多种hub基因的方法，也可以用向量机，随机森林或者LASSO筛1-2个基因。最后作者把筛出来的这两个基因表达趋势用graphpad展现出来。但是我个人觉得，筛出来这个两个基因和先前的巨噬细胞极化，M1,M2又有什么关系呢，为了筛hub基因而筛，感觉和前面的内容有点脱节，纯属个人意见。可以做个免疫组化验证hub基因和M1和M2标记蛋白的关系。

喜欢复现文章的同学，希望咱们一起复现讨论。

总的来说，这篇文章是我刚刚看到的。文章刚刚online不久，其实方法是比较容易上手的，特别适合新人作为练习，原作者发3分多，咱发个1-2分么。原作者研究肺外结核，新手们可以选择骨外肉瘤？继发性高血压？非病毒性肝硬化？非阻塞性心肌梗塞？我瞎说的。