癌和癌旁配对样本qPCR的计算与统计

新手一枚，想请教下园内的前辈，我挑了一部分配对的癌和癌旁的组织提RNA跑了qPCR，目前想统计下某基因在癌和癌旁的表达情况，计算如下:—△ct（癌）=ct内参—ct目的基因，同理得—△ct（癌旁），然后计算2^-△ct（癌）和2^-△ct（癌旁），利用这两个值使用配对样本t检验进行统计，发现没有统计学差异，但是单纯利用—△ct去统计，就有统计学差异，请问可以使用后者进行统计分析吗？