SNP 检测可识别大多数 HRD 阳性肿瘤，前提先确定这个值！

一、 研究背景：

1. 多种生物标志物被发现以便识别出对 PARPi 敏感的人；

2. FDA 批准了商业化检测方法，基因组不稳定的生物标志物作为评估 HRD 的辅助诊断方法；

3. 其他已有或正在开发的检测 HRD 的基因平台，包括单核苷酸多态性 (SNP) 基因分型阵列，旨在测量肿瘤相关的拷贝数变化。

二、 研究方法：

1. 应用 Oncoscan、CytoSNP 和 FDA 批准的 HRD 检测对从治疗前存档肿瘤样本（N = 126，20 个适应症）中提取的 DNA 进行评估；

2. ASCAT(v2.5.1) 使用 GC 波校正的常染色体标记的 log R 和 BAF 来评估拷贝数变异（CNV）和杂合性丢失（LOH）；

3. 使用之前报道的算法，用默认参数进一步生成基因组指标：

• 杂合性丢失（LOH）：长于 15 兆碱基（Mb）但短于整个染色体的区域数量，其中一个基因失去 1 个正常拷贝，或一组基因

• 端粒等位基因不平衡（NTAI）：具有等位基因不平衡的区域数量，这些区域延伸到 1 个亚端粒，但没有穿过中心粒

• 大片段迁移（LST）：过滤掉小于 3 Mb 的区域后，超过 10 Mb 的区域之间的断点数量

4. 使用 AUROC 计算基因组指标（致病性 BRCA 突变）和 FDA 批准的 HRD 检测指标（在临床 cutoff 值）之间的关联；

5. 使用 Spearman 秩相关系数评估连续指标之间的相关性。

三、 研究结果：

1. 成功计算了 120 个 Oncoscan、106 个 CytoSNP 和 126 个 FDA 批准的测试样本的 CNV 和基因组指标；

2. 通过 SNP 基因分型阵列评估，基因组指标值作为一个连续变量与致病性 BRCA 突变表现出良好的关联性（HRD 的 AUROC：Oncoscan™，0.87；CytoSNP，0.75）；

3. 通过 SNP 基因分型阵列评估，基因组指标值作为一个连续变量，显示出与 FDA 批准的检测 cut-off 值 42 时有良好的关联（HRD 的 AUROC：Oncoscan™，0.92；CytoSNP，0.91）；

4. 基因组指标作为连续变量，与 FDA 批准的 HRD 检测指标表现出良好的相关性（HRD 的 Spearman 相关性：Oncoscan™，0.82；CytoSNP，0.81）；

5. 基因组指标与 FDA 批准的 HRD 测试指标的 Spearman 相关性为：

 • Oncoscan™，0.68（LOH）、0.76（TAI）、0.78（LST）和 0.82（HRD）

 • CytoSNP，0.59（LOH）、0.77（TAI）、0.82（LST）和 0.81（HRD）

四、 研究结论：

1. HRD 作为 SNP 基因分型阵列评估的连续变量，与 FDA 批准的 HRD 测试指标有良好的相关性；

2. 如果能确定合适的临床相关 cut-off 值，SNP 检测有可能能够识别大多数 HRD 阳性肿瘤。

参考文献：ESGO 2020.428 poster.

（仅供医疗卫生专业人士作学术参考；审批编号：CN-73425，有效期至：2022-2-23）