miRNA RT-qPCR相关疑惑,求战友们解答。
本人科研小白一枚,现在想测量两个细胞系中筛选的5个的miRNA表达量,但是最后miRNA的CT值都>30,最小的一个miRNA的CT都有31.6,还有三个都是35甚至测不出来,但是两个细胞系的内参U6的CT值都好小,只有11左右。
我提取miRNA是用的天根的miRcute miRNA提取分离试剂盒,一皿细胞大概最后能提20u的RNA。逆转录用的锐博的 Bulge-Loop miRBA qRT-PXR Starer Kit试剂盒,最后cDNA为10u,qPCR是20u的体系。引物也是锐博公司设计合成的,茎环法。
PCR用的罗氏的96孔板,每个miRNA都做了三个复孔。 qPCR的20u体系中cDNA我没有稀释,因为每个miRNA都做了三个复孔花掉了6u,因此我现在每个miRNA只剩4ucDNA了。
我之前的师兄是做测过这几个miRNA的,有表达且有差异,但是我就不知道为嘛我测不出来,锐博的RT试剂盒好贵,一千多只能测20次,我这次测5个miRNA+U6就花了12次,而且qPCR没有稀释cDNA就直接用了,简直肉疼。
我有几个问题想向战友们请教:
1.我师兄之前用的是加尾法,但是我用的是茎环法,加尾法比茎环法更灵敏,这是不是就是我师兄能测出来我测不出来的原因?我是不是应该换一下加尾法的引物?
2.我做的三个复孔之间也有大概1个CT值的差异,是不是因为我加液的时候*头打到底了,最后有气泡影响的?但是我跑pcr之前是有2000转离心5min的呀。
3.如果茎环法测出来的结果最后就是这么多(靶基因CT值31/32,内参10/11),是不是证明这个细胞系基本就不表达这个miRNA?
感谢各位战友了


最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 7223