TCGA下载的RNA-Seq数据，数据类型是FPKM，需要做log对数转换吗？
这个帖子发布于 5 年零 30 天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
想用TCGA的肿瘤组织与GTEx正常组织相匹配，做差异分析，但是GTEx的FPKM类型数据经过了log2（x+0.01）转换，不知道从TCGA官网上下载的FPKM数据是否也经过了相应的对数转换呢？如果经过了转换，log的底数是log2还是log多少呢，（x+1）还是（x+0.01）或者其他情况呢？
之所以没有直接在uclc xena直接下载TCGA数据，是因为只想选择其中一部分肿瘤亚型的样本，所以一开始就直接从TCGA筛选病例并下载了，但直到发现了上面所说的问题，不知道怎么做转换才能做到TCGA下载的表达量数据与GTEx下载的正常组织表达量数据相统一呢？求各位大神指教！
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