请高手指教：RT-PCR中假基因干扰
这个帖子发布于 19 年零 289 天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
大家好！
我计划RT-PCR检测血中CK19及20。
文献中提到CK19存在假基因，CK20好像不存在。几个问题：
1 内参照，我用的是actin，扩增片断大于1000bp。据同学讲，如此长的片断要跨越内含子，cDNA中可能混有的DNA是扩增不出来。actin是否可能出现假基因干扰，恰好扩增出来片断？即，内参照片断存在是混杂的DNA干扰？另外，以前试验我用的内参照片断比较小，大约200bp左右，是不是越长越好？这样，只有高质量的cDNA才能扩增出内参照片断？同时，太长的片断的扩增效率是不是会低很多？我用内参照引物7对标本只扩增出3对。是不是换成比较小的内参照引物，会有更多的内参照扩增成功？
2 CK19引物，是不是要长一些，跨越内含子比较好？扩增产物是否可以通过测序鉴别是否有假基因干扰？
3 提取RNA后，我是不是最好用DNA酶处理一下？这样是不是就可以彻底解决假基因的干扰？另外，假基因能否转录成mRNA?
谢谢，各位大侠！写得乱七八糟的，不要见怪。
我计划RT-PCR检测血中CK19及20。
文献中提到CK19存在假基因，CK20好像不存在。几个问题：
1 内参照，我用的是actin，扩增片断大于1000bp。据同学讲，如此长的片断要跨越内含子，cDNA中可能混有的DNA是扩增不出来。actin是否可能出现假基因干扰，恰好扩增出来片断？即，内参照片断存在是混杂的DNA干扰？另外，以前试验我用的内参照片断比较小，大约200bp左右，是不是越长越好？这样，只有高质量的cDNA才能扩增出内参照片断？同时，太长的片断的扩增效率是不是会低很多？我用内参照引物7对标本只扩增出3对。是不是换成比较小的内参照引物，会有更多的内参照扩增成功？
2 CK19引物，是不是要长一些，跨越内含子比较好？扩增产物是否可以通过测序鉴别是否有假基因干扰？
3 提取RNA后，我是不是最好用DNA酶处理一下？这样是不是就可以彻底解决假基因的干扰？另外，假基因能否转录成mRNA?
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