GWAS数据采用minimac进行的imputation后的基因分型问题
发布于 2020-05-04 · 浏览 1021 · IP 天津天津
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各位大侠，
最近申请到GWAS数据，他们采用的是minimac进行的imputation，输出文件中的dosage file给出了每个样本的每个位点的一个数值（一个0-2的值，如下图），不知道怎么对应到基因型。比如说，第一个样本第一个位点的值是1.94，如果这个位点ref allele是A，alt allele是B，1.94是指1.94个A还是1.94个B呢？这个基因型是AA么？或者说有没有软件可以直接转成基因型的，大家多多支招，谢谢！
| SUBJECT_ID | chr19_36435840 | chr2_15249271 |
| SBCGS_S_048 | 1.94 | 1.915 |
| SBCGS_S_042 | 1.316 | 1.999 |
| SBCGS_S_027 | 1.882 | 1.999 |
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 1021
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