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高通量靶标代谢组学研究进展

发布于 2019-11-20 · 浏览 4990 · IP 上海上海
这个帖子发布于 5 年零 173 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

高通量靶标(定量)代谢组简介

        前面我们介绍了靶标代谢组学,它是对单个目的物的含量进行检测,这种效率非常低,在实际日常检测中满足不了我们的要求,而质谱仪的动态范围非常广,能同时对几个物质精准定量,这就是高通量靶标代谢组的起源。

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       高通量靶标(定量)代谢组是,经方法优化后用同一个方法参数,同一个标曲,把样品中性质相近的一组物质一次全部定量出来。优点就是高通量、省样品——参考非靶代谢组学技术,一次能定量检测一组物质

      通常我们会把这些物质按作用性质或来源进行分类,如氨基酸高通量靶标代谢组学、短链脂肪酸高通量靶标代谢组学、氧化三甲胺及相关代谢物高通量靶标代谢组学、胆汁酸高通量靶标代谢组学、动物激素高通量靶标代谢组学、神经递质高通量靶代谢组学、植物激素高通量靶标代谢组学、多胺及其合成通路物质高通量靶标定。今天讲的主角就是其中的一种——

短链脂肪酸高通量靶标代谢组学

     短链脂肪酸(SCFAs),随着“肠菌热”着实火了一把,是碳原子数小于6个的一类有机脂肪酸,主要包括乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸。它们是在肠道内由微生物发酵产生,被后肠吸收后,既储存了能量又降低了渗透压。研究发现,SCFAs可以改善身体组成、葡萄糖稳态、血脂谱、降低体重和结肠癌风险。

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      因为碳原子数少,易于挥发,短链脂肪酸也称为挥发性脂肪酸(Volatile fatty acids,VFA),其检测平台是GC-MS。(下一讲会把GC-MS的流程做一下梳理,这里略过)。

       短链脂肪酸高通量靶标的检测流程是:样品收集—代谢物提取—标品配置—代谢物检测—生信分析

      实验流程跟常规的差不多,不细说。不同点在于标品配置:7种标品混合后,建一个标品体系,这里每个标品的合适浓度(实际中真实含量)需要进一步优化,注意每一种物质的LLOD和LLQD。

       这里同样要注意质控体系,不同公司做法不一样,有的公司除了传统的标品外,还引入了内标

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     关于内标的作用,这里卖个关子,大家根据上图,自己想一想。

     现在有的实验室或公司,更土豪地用上同位素内标。。。。这做法更是甩同行一大截的节奏。


    上面提到高通量靶标的分类方法,像短链脂肪酸在性质上相近,功能上也相近,方法开发起来比较容易,但有的分类,如维生素高通量靶标代谢组学开发起来难度却加大不少,维生素在功能上相近,但性质上却相差很大,有脂溶性,也有水溶性,下帖将继续介绍它们方法开发的小秘密,敬请关注!

最后编辑于 2019-12-19 · 浏览 4990

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