【文献1】RNA结合蛋白转录后调控
RNA结合蛋白可以通过调节细胞的功能从而导致细胞功能的改变或紊乱，继而导致疾病的发生。
这是一篇Lijun Zhao（北京大学基础医学院生化和分子生物学系）和Jianzhong Cao（北京协和医学院协和医院普外科）2018年共同发表在Nucleic Acids Research（2018IF=11.147）上的一篇核糖体蛋白的研究。
一、获得差异表达RNA结合蛋白
作者首先获得了TCGA数据库和GEO数据库的共887对有基因表达信息和临床信息的样本，分析了目前已知的RNA结合蛋白基因，分别获得了一组差异表达的RNA结合蛋白基因。然后筛选出进展相关的基因，再筛选出与一些临床表型相关的基因，这样两个数库取交集，获得42个与肿瘤临床表型相关的RNA结合蛋白差异表达基因。
接着对这42个差异表达基因进行Kaplan–Meier生存分析，其高表达与不良预后有关。最后筛选了3个在两个数据库中均表达水平最高的基因，其余两个基因均在肝脏肿瘤中有所研究，故选定目的基因RPS3。
二、RPS3在肝癌组织中的高表达且与肝癌侵袭性相关
数据库数据的分析及30对肝癌及配对正常组织中RPS3基因的mRNA表达水平。免疫组化染色检测RPS3蛋白的水平。临床参数分析。体内外功能实验验证RPS3影响肝细胞的增殖和侵袭能力。
三、RPS3不是通过核糖体途径促进肿瘤发生
由于RPS3是一个核糖体蛋白，作者用SUnSET实验探索RPS3对蛋白合成的影响，发现无论是过表达还是干扰，其对蛋白质合成均无影响，说明RPS3不是通过影响蛋白质的合成的改变来影响肝细胞的肿瘤发生。
四、寻找与RPS3相作用RNA
在RPS3沉默的细胞株和阴性对照中进行转录组测序，通过GO富集分析，发现一系列与血管生成、细胞周期调控、细胞增殖和迁移调控相关的转录本的改变。
作者实验室的研究表明RPS3是SIRT1mRNA的相互作用体，为了进一步验证，作者用RIP验证。为了知道RPS3与SIRT1mRNA哪个区域结合，作者将SIRT1mRNA分成不同片段，用生物素pull-down实验及WB，作者通过不断地细分、验证，发现其与SIRT1mRNA的3'UTR-3448–3530结合。作者发现该区域有两个AUUUA模体，进一步研究发现该模体对于两者的相互作用是必须的。
五、探索两者相互作用方式
作者推测：RPS3可能上调SIRT1mRNA水平或稳定其mRNA以提高其丰度。试验发现RPS3可以通过稳定其mRNA来提高SIRT1的表达。已知PPARγ是SIRT1的下游靶点，RPS3以一种计量依赖的方式调节SIRT1和PPARγ。接着，作者进一步验证RPS3促进SIRT1表达是否依赖其与SIRT1的结合。
六、RPS3/SIRT1信号轴促进肝癌
研究表明SIRT1会促进肝癌，作者用回复实验验证了RPS3介导的对肝癌的促进作用中有SIRT1的参与。并在体内验证了RPS3/SIRT1信号轴的作用。
作者从多种中药复合物中提取了10种小分子化合物，发现FMHM对RPS3/SIRT1信号轴的抑制效果最明显。进一步验证FMHM是否通过抑制RPS3/SIRT1抑制肝癌的发生。作者又用CHX chase 实验研究表明，FMHM通过降解RPS3蛋白来降低SIRT1的蛋白稳定性，并用回复实验验证。
最后编辑于 2022-10-09 · 浏览 2002
