二代测序原始数据的分析软件——NextGENe软件 （我有资源，使用请联系）
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NextGENe®是ION PGM、Illumina、Roche和SOLID系统下测序数据完美的分析工具。NextGENe软件在Windows系统下运行，具有生物学家友好的界面显示，不需要有脚本和生物信息学的支持，而这些恰恰是CLC Bio, LaserGene, DNASTAR, MAQ,SOAP,Top Hat, BWA和Bowtie软件所需要的。
NextGENe软件采用特有的技术将多种应用程序包独立出来，分析模块包括重测序和扩增子测序的单核苷酸多态性（SNP）/插入缺失（InDel）/结构变异分析；全基因组比对及突变检测；罕见疾病分析及预测；拷贝数变异（CNV）分析；转录本表达水平/可变剪接分析；外显子拼接/变异检测；miRNA的发现及定量分析；ChIP-Seq 分析；组装拼接。
NextGENe 软件在Windows环境下运行大大减少了需要额外的生物信息学知识和成本。NextGENe软件要求硬件设备较低，64位系统即可。
主要应用
*单核苷酸多态性（SNP）/插入缺失（InDel）
*拷贝数变异（CNV）分析
*体细胞突变检测
*全基因组比对及突变检测
*RNA测序/转录组测序分析
*目标区域捕获测序/重测序分析
*HLA分析
*人类身份鉴定分析（法医）
*reads组装/Paired-end拼接
*miRNA、CHIP-seq、表达及定量分析
*罕见疾病分析及预测
*家系、多个样本间的比对分析
*可导入多个数据库
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