【求助】一个基因具有多个转录本 设计荧光定量PCR引物

各位大神：
最近我在做一个基因的荧光定量PCR，该基因有3个转录本，目前设计引物等出现困难，特来求助，希望路过走过的能指点一下：
1）该基因存在三个转录本，我的本意是针对转录本1进行引物设计，可是设计出来的引物要么是有非特异产物，或者特异性好，但是引物所扩出来的产物片段在320bp，导致目前荧光定量PCR无法进一步进行；
2）后来设计了一个针对转录本1和转录本2公共序列的引物，特异性及扩增产物片段均可以，经验证扩出来的转录本1和转录本2的产物大小一样；
我现在的疑惑是：一个基因多个转录本是怎么一种概念，难道会存在有的转录本表达多有的转录本表达低么？
我本意是想检测转录本1的表达情况，如果我针对转录本1和转录本2共同序列设计的引物是否款可以满足我检测转录本1表达情况的要求？
如果上诉不能满足要求，我现在设计转录本1的特异性引物一直设计不出来，不知道有无战友大神能助我一臂之力！！！谢谢！ （基因名称 CASC2 转录本1 NR_026939.1 ）
再次万分感谢！！！！求助！！！！