【求助】求问普通测序高GC重复序列导致测序失败，PCR如何优化？

各位大神好，小女子用cDNA为模板两次PCR测基因突变。这会做的引物、PCR体系、步骤都和往常一样，为了保证克隆测序的质量，多加了一步纯化步骤，出来的条带也是很亮的，拿到公司测序，那边表示含有高GC重复序列测序失败，双向都失败了，建议克隆测序。
我想请教一下这可能跟哪些因素有关的，我这边PCR需要怎么改进？因为和往常的步骤基本一样，所以觉得奇怪，会不会是我引物和酶放得太久的原因？
请帮忙分析分析，感激不尽。！！