【转载】如何研究转录因子对基因的影响

先到NCBI上找到转录因子的基因全长CDS编码框，构建真核表达载体，用引物在不同细胞系的CDNA文库中跑一下PCR，最好转入到不表达这个转录因子的细胞中（如果都表达，那作个过表达也有参考价值），检测并确定其可以表达，同样将受其调控的基因构建成真核表达载体，一组与转录因子真和表达载体一起转到这个特定的细胞中去，另一组只转入受其调控的基因构建成真核表达载体，还有一组什么都不转做空白，分别提取RNA，做荧光定量PCR检测表达量差异，如果结果好的话下一步可以做emsa，进一步证明此转录因子在目的基因的promoter上的结合情况。
做酵母单杂EMSA看基因上游序列会不会和这个转录因子结合，
瞬转western检测你目地基因的表达水平看基因上调还是下调
将被调控基因的promoter连到报告基因上检测转录因子是否影响启动子活性
对于预测特定结合位点的确定可以做emsa 或对报告质粒做突变
可用wb在蛋白水平上检测；rt在mRNA水平上检测检测时转录因子可以过表达和RNAi
可用chIP获得内源非artificial的证据