【原创】关于plink-gPLINK-Haploview兼容的学习体会

经过近几天的琢磨，总算能顺利操作snps的选取了。
在这分享一下，自己碰到的问题，首先声明本人是菜鸟，零起点学习。
1.haploview的下载、安装和使用， http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml
下载、安装比较简单，在使用过程中，遇到过好多个错误，比如显示文件打开格式错误，文件包含两条染色体信息。
文件是从hapmap上当下来的，当的时候要注意是不是SNPS；文件包含两条染色体，主要是这个软件打开一个信息时需要关闭一次，那样就不会因在不同染色体上的基因snps问题了。
2.plink与gplink
这个两个东东都可以在网上搜到，那个哈佛大学上面有详细的介绍。但是自己操作起来总是不顺。
因为计算机基础差，没搞清楚这两个程序 是基于Java的，所以必须满足Java运行的环境，也就是要更改环境参数，
经过修改，总与可以打开gplink的视窗界面了。
gplink的运行哈佛大学页面里有详细的介绍，但是那个example.bed不知道哪里找，自己在 http://app3.titan.uio.no/biotools/tool.php?app=snpexp 网站里面输入基因搞到了*.bed，*.bim,*.fam等文件操作了一番，总算可以进行后面步骤的操作了。
3.至于那个gplink与haploview兼容 其实道理很简单，前面的学会了，后面操作非常简单。
在这里表达下自己的体会，要是有像我一样的菜鸟，不妨可以借鉴一下心得。