【讨论】SNP位点rs号查询

研究生阶段开始接触分子生物学，虽然本科阶段学过所谓的全英文版分子生物学，但毕竟理论和实践存在差异。真正动手的时候往往一头雾水。

接触新的实验，完全是糊里糊涂的做。记得做了半年的SSCP还搞不清SSCP的原理，实验室一群人讨论了半天没个结果，最后推选一个代表去问了下邓老板才弄懂了。

一些实验技术和理论，问问老板就懂了。可是很多事情老板只会交待去做，具体的操作还是要自己摸索。做了差不多两年的突变分析，常在病人中发现SNP位点。论文投稿前需要进行SNP位点的简单分析，如是否改变氨基酸或者剪切位点，还需要判断这些SNP位点是否已知。如果该SNP位点是前人报道，需要查找rs号和引用参考文献，如果为新发现的位点则需要将该位点递交到NCBI上，获得ss号。这样在投稿论文是可以为文章增色。

对于测序发现的SNP位点，检测是否为新发现的位点目前我知道的有两种方法：

1.使用DNAstar软件，用过，但是比较繁琐，就不介绍了。

2.使用Internet Explorer 中的在此页查找功能，比较简便，是自己慢慢摸索的，相当的草根，上不了大台面，只是一种做事的简便方法，希望对做分子的同学有用。

下面我就主要介绍第二种方法。

具体步骤：

1. 输入网址www.pubmed.com 进入pubmed主页，选择SNP，输入要查找的基因名称，点search，出现的网页为该基因已发现的所有SNP位点。

2. NCBI上有Limits，可以限制条件，缩小寻找范围，减少工作量。因为我一般做的是人的基因，所以在Limits中的Organism选择Homo sapiens, 根据SNP位点在全基因组中的位置， 在function class中选择相应的区域，如coding， intron，等，还有一个我常用的是SNP Class，一次查找一个del变异的时候，选择该选项限定，找个两个网页就找到了，相当的提高效率。选择完毕后，点go即可。

3. 限定条件后，候选SNP位点就会变得很少。 如果该位点在编码区，如:p.Gly499Arg，则在‘编辑’里选择‘在此页中查找’输入:p.Gly499Arg 或者499，如果在网页中有相同的标志，则还需点击相对应的rs号码进入，查看rs号中的参考序列和自己的对照序列，正向和反向互补配对进行比对，确认是否为自己测序发现的位点。注意：因为一个氨基酸是由三个碱基确定，这三个碱基中任何一个碱基改变均可导致氨基酸的改变，因此必须在对应rs号中根据参考序列进行比对确认该rs号中改变的碱基和你所发现的碱基是否一致。同时，研究人员基因参考序列的不同，可能导致在递交SNP位点时存在方向的差异，存在递交的SNP位点为自己参考序列的反向互补序列。同样的其它区域的变异均可通过限定条件后在网页中查找到。

4. 如果你发现的SNP位点通过上一步骤没有发现，还不能说你的位点是新发现的位点，避免由于该基因的参考序列不同或者自己本身在计算变异位点时存在失误而导致查询不到，常常还需要将该位点前数个或者数十个碱基输入在本页中查找栏中查找，同时，该区域中碱基的方向互补配对序列也需输入查询。

5. 经过第三步和第四步均未查到的变异即可认为是新发现的变异。需要通过NCBI网站中的submit进行递交，获取ss号。

希望我的经验对于做分子生物的人有所帮助，写的比较匆忙，会有遗漏，如果发现没有讲清的地方，欢迎指出改正。

如果有时间，我还会将新发现SNP位点递交的具体步骤和大家分享。