【新工具推荐】蛋白质相互作用网络分析软件<原创>

写在开始的一段话－－

生物信息学手段已经为生物、医药学技术研究领域提供了大量常用工具，比如大家常用的各种软件、数据库、网络服务等。所以本讨论版开设新的话题，就分子生物技术中的生物信息手段作讨论。力求实用，专业性强！能介绍最新的专业数据库，推荐领域前沿的新方法、技术，尽量不探讨过深的生物物理学、计算算法，抛砖引玉，望大家补充为盼！




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【Osprey】 (*)(*)(*)(*)(*)

【作者】 Bobby-Joe Breitkreutz, Chris Stark, Mike Tyers
【网址】http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index
【编程语言】 Java
【操作平台】 Window2000/xp/9x; Linux,Unix;

【介绍】 a network visualization system. A software platform called Osprey has been developed for visualization and manipulation of complex interaction networks. (一个相互作用网络的可视化系统)

这个软件是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，其中的Chris Stark, Mike Tyers 都是在蛋白质组研究中的大牛人，这个Osprey的软件平台目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。我们知道在研究一个基因及其表达产物-蛋白质的功能时，绝对不可以孤立的、静止地研究其本身，一定要同时研究和它有相互作用的一些蛋白质/核酸，这就是蛋白质相互作用谱(protein interaction profile) 产生的由来！这个和蛋白质表达谱一样，会给研究者提供大量的功能信息！例如：蛋白质A(pA)和pB,pC,pD有紧密的相互作用，即相互作用谱一致，那么如果pB,pC,pD的功能是和mRNA转录相关的话，pA的功能也和此功能相关! 这是一个很好的功能预测的方法。在研究功能的战友一定要试一试！

软件本身和自己的两个数据库整合在一起，(BIND,GRID)数据较全，功能全面，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接，使用户很方便。其中的GRID为Stanfor Universtiy定为默认的查询库！

【功能】蛋白质相互作用网络的可视化系统，可以查询,添加自己的数据

【优势】界面友好，功能全面，和数据库整合较好

【数据库】有关数据库会有专题介绍
BIND:The Biomolecular Interaction Network Database
http://www.bind.ca
GRID: General Repository for Interaction Datasets
http://biodata.mshri.on.ca/grid/servlet/Index

【参考文献】Osprey: a network visualization system Bobby-Joe Breitkreutz1, 2, Chris Stark1, 2 and Mike Tyers1
1Address: Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital, University Avenue, Toronto, M5G 1X5, Canada
Genome Biology 2003 4(3):R22 Correspondence: Mike Tyers. E-mail: tyers@mshri.on.ca

附图：

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