microRNA靶基因预测，是否可进行targetscan预测靶基因的GO和KEGG进行功能预测？

关于microRNA靶基因筛选，目前传统的做法就是进行targetscan、miRBase等软件预测，然后进行验证，但针对所筛选出的大量的候选靶基因如何选择进行后续验证仍然充满挑战。

我一般的做法是miR和mRNA表达谱芯片同时做，然后根据两者表达趋势+序列比对进行靶基因筛选。

最近看到曹雪涛院士在cancer cell上发表的关于mir199在HCC的研究，在靶基因预测这一块，他们是先功过targetscan进行预测，然后将预测出的上千个基因进行GO分析和KEGG pathway分析，确定与MAKP通路有关，然后在此通路中选择出靶基因PAK4进行后续验证。

我的问题是：这种将targetscan预测出来的genes进行GO分析是否可行。因为mir有时仅需要调控MAPK上某一关键基因就可调控该通路，并不需要对该通路上的很多基因进行直接调控。也就是说相对于其他通路，mir199对MAPK通路的调控优势是通过对该通路上很多的基因进行直接调控来实现的？如果是这样，对该通路的验证应该是针对多个基因进行验证，而不是仅从磷酸化水平进行评价。不知道大家能否明白我所想要表达的问题。

mir和mRNA表达谱芯片同时做，感觉费用较大，曹院士的方法倒是节省了不少，但是目前还很难理解，园内这方面的高手是否可 不吝赐教。