【求助】关于用PP5.0设计引物的问题

我是一个新手，马上就要做ＰＣＲ实验了，可是对于应用PP5.0进行引物设计仍有不明白之出，望各位高手指点！运用NCBI查处基因的序列后，我不知道用软件进行引物设计时，该输入的序列是哪一段？应该是CDS后面的序列，还是ORIGIN后面的序列？在输入时，软件提醒最大不能超过50000bp,可是如果输入ORIGIN后面的话就超过了；如果输入CDS后面的话，有很多段，到底应该输入哪一段呢？我很苦恼！顺便说一下，我的实验是要利用PCR找出突变的位点的？请各位大侠多多指点啊！我查到的序列的网址为：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=NT_006713.14&from=37065822&to=37374777&view=gb
请多多指教！