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R语言 sequenza

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肿瘤治疗学医学生 · 发布于 03-02 · IP 上海上海
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想要做肿瘤纯度和倍生计算,sequenza包下载后根据给出的参考代码,R语言一直出错:

data.file <- system.file("extdata", "example.seqz.txt.gz", package = "sequenza")

test <- sequenza.extract(data.file, verbose = FALSE)

Error in (function (x, col_types) : unused argument (parallel = 1)


我看到github论坛(https://github.com/issues/recent?issue=sztup%7CscarHRD%7C29)也有类似的问题,但是我试了他们提供个三种方法,依旧失败:

① Installing from GitHub: devtools::install_github("buschlab/sequenza", build_vignettes = FALSE) (suggested by @nr23730).

② Downgrading the iotools package (suggested by @nr23730).

③ Installing the local patch: devtools::install_local("./sequenza-WortJohn-patch-1.zip", force=TRUE, repos=NULL, type="source", dependencies=FALSE) (suggested by @WortJohn).


我甚至到原代码去删除parallel这个参数,但是还是报错!!求助!!!还有什么办法啊,哭了都

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