【求助】 有关抑菌圈法遇到的问题

我现在在做一种微生物发酵，具体产物不知道，但是可以通过以青枯菌为指示菌来测定抑菌圈的大小。所以导师想让我以抑菌圈的直径为优化目标来进行优化。目前方法建立不起来。其难度有以下几点：（1）青枯菌变异快，稳定性差，需要经常活化，这就存在一个如何确定病原菌浓度的问题，以便批次之间有重复性，便于优化。（2）平板不平，在同一个平板不同位置打孔，有的位置有圈（不是太大）有的位置不出圈。如何减少这个误差。这些问题我摸索了快两个月了，仍然没头绪，很着急。希望这方面有经验的朋友多多指点。