代谢组学，model+药物 vs control比其他两组差异代谢物都多，这怎么办？

我的代谢组数据有三组，control、model和model+药物。在两两比较中，model+药物 vs control比其他两组model vs control，model+药物 vs model所得到的差异代谢物都多，请问这样的数据还能三组都用吗？还是分开，两组两组用比较好。