少刷一条朋友圈，3min找到一个极具研究潜力的癌基因！

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数据库介绍1:cosmic(a)

子三点 撰写； 羲丫 ， 冰马知 审

问："领导"天天让我看文献，听报告，设计一个研究方向，可科研深不见底，了解越多越迷茫️️！有没有一个简单粗暴的途径找到一个极具临床价值；研究潜力巨大；实验结果阳性率奇高（没钱经不起折腾）；而且尚无研究或零星报道的基因️️？

答：虽然有点想的美，但的确有，给你推荐一个数据库Cosmic（免费、勿需注册、不卡、界面优雅）,虽然之前有公众号也介绍过，但快餐社会，针对一个覆盖内容广，阅过简单介绍后自己去摸索也比较麻烦费时，推荐3min途径搞到一个满足你上述所有要求的基因（>）

1.打开cosmic网页2个，一个备用一个用（5s）

2.Tools>Cancer Browser (5s)

3.选择你想要学习的癌组织>Go,这里以大肠癌为例（5s）

4.等待缓冲（网速不同1~10s）

5.选择左侧变异矩阵图-Mutation matrix（5s）

6.出来了这么一张矩阵图。

矩阵图解读（基础不同30s~60s）：横排代表一个组织样本，纵列代表你选择的癌症中突变排名前20的基因（百分比排名），突变类型有（如下图）：点突变前20, 高表达前20，拷贝数扩增前20，低表达前20，拷贝数丢失前20，高甲基化前20，低甲基化前20。

7.百分比查询（30s）,我们以高表达百分比排名第一的基因C20orf43为例子。

8.打开备用cosmic, 输入基因>点击组织>排序。

62.79%️，不错呀，这对临床讲究高敏感性，高特异性来说，吸引力不小呀，要知道CEA对胃肠道肿瘤的比例也就60％左右呀。

8.Pubmed 比对（1min），看看各个变异前20基因中有没有你中意的基因啦，是否被研究了。（好消息是很多基因还没有被研究️）

9.选中了，就实验室初步验证了，结果一般很好啦（政府主导的TCGA数据你难道不信）

预警（选择性阅读）

所谓酒香不怕巷子深，花美香浓总有蜂蝶争。这样挑选的基因虽然潜力大，但风险系数高，2016年年末，结直肠癌中高表达的前20个基因仅有一个刚被研究（oncogene），我们课题组从结直肠中前20的高表达基因中挑选了一个和癌症沾点边的基因进行研究，17年3月别人抢发！为了避免重蹈覆辙，我们接着挑选了排名第三和第五的2个冷门基因DDX27（59.84％）和YTHDF1（58.03%）（当时Pubmed仅有<5篇关于这2个基因的文献），可仅仅过去1年，2017年开始大热的mRNA甲基化m6A把YTHDF1推入大众视野，18年3月Pubmed上线了一篇与结直肠癌相关的文章（如下）,这个我们预料到了。

想另外一个基因DDX27的一年的研究结果是极度完美的，且无人关照时，我们是窃喜的，早上刚商量完本月内成文，下午得到“噩耗”，1篇DDX27与结直肠癌的文章上线（又是oncomine），本以为会和我们做的实验有异同的，结果一看99％类似性，连细胞系都一样（绝杀）。看看"对手"单位（香港中文大学+北大肿瘤医院+上海交大，我们在想如果我们先发，考虑到他们工作量更大，他们该是什么表情了，可惜就差这么几天，这第一就错过了）。(下期和大家一起分析一下这篇文献，比较经典的肿瘤基因研究套路）

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