如何自学网络meta分析（以R软件的Gemtc安装包为例）

我从2014年开始自学网络meta，在一步一个脚印的艰辛历程中不断的尝试，最后终于把网络meta分析的整个过程弄懂了。而且在本专业的学术期刊上发表了SCI（影响因子4.04）。总结个人自学的经验，我认为：1、除了上丁香园淘淘宝，看看精华帖，问问大神之外，还要勤于上国外的网站看看；2、坚持阅读四大综合期刊上的网络meta，不一定要你的专业领域，只要是网络meta分析的文章都可以拿来阅读。

相信很多园友在自学网络meta分析之前都会想去逛一下丁香园查找一些相关资料，不过没有让你失望，园里真的有不少帖子，包括chao0803 版和yiyuexiong版的帖子，真心感谢二位的贡献。当时看完上面的帖子后，我也自己尝试用WinBUG软件和R软件按照楼主的步骤step by step地操作，结果总是遇到一些错误。自己又不懂程序，有时候连报错的信息都看不懂。当然，我不是质疑这些帖子，毕竟很多园友在这里已经取得了成功。我认为要么是有些细节错误没有发觉，要么就是程序已经更新的原因。不管是哪种原因，对于一个初学者来讲实在是很头痛的事情。

因此找到原始的代码并且能够自己利用之很重要。现在就以R软件的gemtc实现网络meta分析为例，讲解一下如何获取代码。

这是R软件安装包的官网https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html

很多实现网络meta分析的安装包说明（所谓说明就像是手机的使用说明，它会提示你如何操作这个软件，调动安装包从而运行结果）都可以在上面下载，比如R2WinBUG、Gemtc和Pcnetmeta的安装包说明等等。

找到Gemtc这个选项，然后点击进去。就会出现如下界面。

上面那个箭头所示的就是gemtc安装包的使用说明书。下面的箭头所示的是这个说明书里示例用的数据，把这文件下载下来（存放在哪里都可以，启动R软件后按照说明书输入命令后，就能把数据召唤出来了，但注意要把压缩文件解压开）。

先不着急着启动R软件，先让我把这个说明书解读一下。

箭头所示的地方时这个说明书最近的更新时间（我上次查看时时更新到2015年9年，这次又更新到2016年3月了，更新很快）。基本上每个安装包被编程出来后不可能完成所有的分析，这就是为什么后来要不断的去更新的原因。更新要么是增加安装包的分析功能，要么就是稍微修改了一下命令。如果是后者而言，园友就要警惕了，当你更新安装包后，一旦输入旧的命令，系统就会报错。这也是我前面提到的。写此贴目的就在于给园友提供一个自我纠错的方向——查找更新的代码，然后根据使用说明书step by step的实现。

这是说明书的目录

估计园友还没有反应过来，因为看不懂 这些个命令究竟是做哪个步骤的，但是当我说mtc.network是制作网络图，mtc.nodesplit是做节点分析（也就是一致性分析），mtc.anohe是做异质性分析，rank.probability是做排序用的时候，园友是否心中开始激动了。因为使用一个安装包即可实现完整的网络meta分析！

接下来是对这个安装包的介绍，说明这个安装包的开发起源于Van Valkenhoef等人2012年发表的文章（绿色下划线所示）。为了方便查阅，我把这篇文献的索引贴在下面。并且它提醒我们使用这个安装包之前还需要安装另一个rjags安装包和JAGS软件。

G. van Valkenhoef, G. Lu, B. de Brock, H. Hillege, A.E. Ades, and N.J. Welton (2012), Automating
network meta-analysis, Research Synthesis Methods 3(4):285-299. [doi:10.1002/jrsm.1054]

接着我们翻到下面这一页，以制作网状图这个命令作为例子，详解如何充分的使用这个说明书。

其实这个说明书有些园友已经看过了，并不新鲜，但是不懂R软件的园友看到这张说明书就开始退缩了。英文虽然很多，但是稍微耐心一点，还是不难理解的。

不详扯了，继续讲解一下这上面的说明是什么意思。

1）说明书上黄色加亮标注的地方是说明这条命令的功能，create an mtc.network就是增加一个网络，也就是加载数据并制作网络图。

2）Usage是这条命令的基本框架。

mtc.network(data.ab=data, treatments=NULL, description="Network",data.re=NULL, studies=NULL, data=NULL)
## S3 method for class 'mtc.network'
plot(x, layout=igraph::layout.circle, dynamic.edge.width=TRUE, ...)

3）而下面的Argument则是对框架里的参数进行具体的说明。例如data.ab表示以arm-level data的形式录入的数据集(为了写作的连贯性，arm data是什么意思会在后面讲解)，而data.re则表示以relative effect data的形式录入的数据集，treatments是指你要研究的干预措施集，description是指对网络的简单描述。plot后的x，layout, dynamic.edge.width等code则是对网状图的设计，比如可以根据研究的数量调整线条的宽度等）

4）Detail是一些补充，比如纳入的研究中如果有单臂的，系统会报错；要将WinBUG的数据装换为Gemtc的数据形式，可以使用mtc.data.studyrow这条命令。

5）Value是对上面的参数进行设置，比如description方面可以随便描述一下，比如写“Example”，也就是description=“Example“，treatments和data.re也是一样，即给你的干预措施集和数据集起个名字，比如就分别起个treatments和data吧，那就写treatments=treatments，data.re=data。

6）Exmple则是示例。我觉得这个才是重点，上面写得再多，不拿个来示例的话我也看不下去了。

其他的命令的使用同上。就这样，整个说明书已经讲解完毕，是不是有点晕菜了。不用担心，接下来用示例step by step讲解一下。

箭头里指示的地方就是上面谈到的干预措施集、数据集的命名及网络图的描述，如果你的命名有改变，下面的命令里也要有相应的改变，所以不知道这些指代意义的园友可能也会栽在这里。依样画葫芦，也要知其然啊！而黄色加亮的部分是数据集和干预措施集中需要的项目内容。比如前者需要id和description，这里要注意一下，id是干预措施的简单缩写，只能用字母的形式表示，而description则是干预措施的具体说明，想写什么就写什么。而对于二分类的数据，数据集需要study ，treatment，responders，sampleSize四个内容，responders是每个组的事件发生数，sampleSize则是每个组的人数。再看一下这个数据集的数据录入形式，是不是和STATA的数据集输入形式不一样，它把一个试验两个组的数据分成了两行书写，

01 A 2 100
01 B 5 100
相当于把一根火柴拆成了两半，这就是arm-lever的数据形式。如果是3臂就拆成3个，以此类推。然后园友还质疑怎么接下来的这条命令network <- mtc.network(data, description="Example", treatments=treatments)貌似少了一些项目。没错！说明书上对一些参数的描述太详细了，面面俱到，但是这里的示例为了方便说明所以比较简洁。至于更多的功能可以根据读者的需要自行设置。所以这有点考验园友的应用能力了，哈哈。就这样，当你启动R软件（注意还要安装JAGS软件），加载和安装gemtc和rjags安装包后，你只要将你的数据套入这条命令中，然后复制这条命令到R软件里就可以运行出结果了。

以上就是对gemtc安装包使用说明书的讲解。看到这里园友应该明白这个说明书该怎么使用了吧。很多园友在使用R软件的R2WinBUG和gemtc安装包实现网络meta分析的过程中经常报错，但是又不知道什么原因，所以在各大循证医学群和丁香园论坛跟贴询问，很多还是不了了之。但是若是能自己动手，将你的代码和这些更新的安装包使用说明书进行比较，可能会发现自己代码中的错误。若是找不出原因，亦可以直接使用说明书里的代码。毕竟老外是严谨的，代码很少会出错，反正我还没遇到过。只要复制粘贴代码就就能跑。 将这些使用说明书和张前辈等人发表的系列网络meta操作的文章结合起来，对初学者不失为一个好办法。

下面还会继续和园友一起探讨用Gemtc实现网络meta分析。之前张前辈等人发表了《R软件gemtc程序包在网状Meta分析中的应用》一文，但是该文中只简述了应用gemtc实现网络meta分析的部分操作。但是使用RR、HR作为效应值的网络meta分析以及一致性分析、异质性分析等因篇幅有限未能提及。因此，小生班门弄斧，将在这些方面继续展开。希望能和各位能相互交流，共成长！