【求助】【请教】细菌和细胞共培养后，怎样只提取细胞的RNA?

请教各位大大，细菌和细胞共培养后，细菌会侵入到胞体里去（电镜下可见），现在我想提细胞的RNA做分析，有不想受到细菌遗传物质的影响，请问该怎么做？
提取前清洗细菌是不行的，毕竟胞内也已经有了细菌，那部分是洗不掉的。有没有什么试剂是只破坏细胞，不溶解细菌的？或者提出来后有没有分离方法？