BLAT 用法

Blat可以称为“类BLAST比对工具”，由W.James Kent于2002年开发。当时随着人类基因组计划的进展，把大量的基因和ESTs快速定位到较大的基因组上称为一种迫切需要。blast相对于这种比对有几个缺陷：速度偏慢、结果难于处理、无法表示包含intron的基因定位。Blat就是再这种形势下应运而生了。

各个操作系统可执行文件下载地址：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/
常见问题：http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html

Blat的主要特点是：速度快，共线性输出结果简单易读。对于比较小的序列（如cDNA等）对大基因组的比对，blat无疑是首选。Blat把相关的呈共线性的比对结果连接成更大的比对结果，从中也可以很容易的找到exons和introns。因此，在相近物种的基因同源性分析和EST分析中，blat得到了广泛的应用。

用法实例见下：